可以看到PC_1的Positive基因主要是髓系相关比如LYZ、S100A9;Negative基因主要是淋巴免疫相关的,所以PC_1就可以很好的把这两个类群的细胞区分开来 然后PC_ 2中Positive基因主要是B细胞相关的,比如CD79A,MS4A1;Negative基因主要是NKG7、PRF1的NK细胞相关的Marker基因,所以PC_2维度可以很好的把B细胞和NK细胞区分出来 以...
就像上图显示的这样,基因1在细胞1中的高表达,而在细胞2中低表达,而基因9正好相反,在细胞1中低表达,而在细胞2中高表达,如下所示: image 从我们所列出的数据来看,细胞1和细胞2的基因表达水平很多呈相反的水平,那么我们很容易就知道,这两个细胞必定不是同一种类的细胞,如下所示: image 此时,我们把问题升级一下...
在scRNA-seq分析中,将比较细胞内不同基因的表达以对细胞进行聚类。如果使用基于 3' 或 5' 液滴的方...
WB实验显示,过表达circTFDP2会降低裂解PARP1的表达,而敲低circTFDP2则会增加裂解PARP1的表达;circTFDP2敲低的PCa细胞中增强的PARP1裂解被caspase-3抑制剂Z-DEVD-FMK阻断,表明circTFDP2阻止了PARP1依赖caspase-3的活性裂解。上述数据表明circTFDP2可以减弱PARP1的裂解。 图4. circTFDP2与PARP1相互作用并阻止其裂...
1 年前 生信果关注在使用GEO数据进行免疫细胞经润分析时,经常需要做一些相关性图来检验组间样本的相关程度是否显著,往往有时候作图不会遇到问题,但是对于得到的图谱读不懂其中的含义,这就需要去提高读图能力,这里就选用了两张图谱来学习下: 聚类热图 在本图中,横坐标轴表示:样本名称;纵坐标轴表示:不同的细胞;右...
科研中经常会应用PCA分析方法,在阅读一些文献时,笔者发现PCA图频繁出现在paper中,比如研究肠道微生物的菌群构成、某种细胞的基因表达情况等。 这些场景下都具有很多变量,PCA分析通几个主成分来揭示多个变量之间的关系,且主成分间互不相关。将高维数据降低至二维或三维,同时保持各方差贡献最大的特征,降低数据复杂度。
科研中经常会应用PCA分析方法,在阅读一些文献时,笔者发现PCA图频繁出现在paper中,比如研究肠道微生物的菌群构成、某种细胞的基因表达情况等。 这些场景下都具有很多变量,PCA分析通几个主成分来揭示多个变量之间的关系,且主成分间互不相关。将高维数据降低至二维或三维,同时保持各方差贡献最大的特征,降低数据复杂度。
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有时,更高的PC也用于这种可视化,特别是如果PC1和PC2解释的差异不是很高,并且数据集有几个因素导致样本之间的差异。 对于我们的scRNA-seq数据,我们将使用10-100个PC分数来比较细胞,而不是比较所有细胞中20,000+个基因的表达,这将突出显示我们数据集中存在的最大变异来源。除了探索与这些最高的PC相关的变异来源外...
可以看到PC_1的Positive基因主要是髓系相关比如LYZ、S100A9;Negative基因主要是淋巴免疫相关的,所以PC_1就可以很好的把这两个类群的细胞区分开来 然后PC_ 2中Positive基因主要是B细胞相关的,比如CD79A,MS4A1;Negative基因主要是NKG7、PRF1的NK细胞相关的Marker基因,所以PC_2维度可以很好的把B细胞和NK细胞区分出来 以...