分析PCA散点图的步骤和要点 一、观察散点分布 1. 初步观察：首先，从整体角度观察散点图的分布，看是否存在明显的聚集或者离散现象。这可以帮助我们了解数据间的相关性。二、识别主成分方向 1. 识别主成分轴：PCA的主要目的是将数据从原始特征转换为主成分。在散点图上，通常横轴和纵轴分别代表两个主...
PCA(主成分分析)是一种常用的数据降维技术,它可以将高维数据转换为低维数据,同时尽可能保留原始数据中的信息。PCA分析图,特别是散点图,是解读PCA结果的重要工具。下面是对PCA分析图散点图的详细解读: 1. PCA分析的基本原理 PCA通过正交变换将一组可能存在相关性的变量转换为一组线性不相关的变量,即主成分。这些...
【分子标记系列】8.使用R语言对SSR数据绘制PCA散点图, 视频播放量 351、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 2、收藏人数 4、转发人数 0, 视频作者 捡羊毛的咩, 作者简介 生信工程师—生信博在读;gzh你好我是一只羊;搬运号:@一只羊做生信 群号看公告or关注后自动回复,相关视
此外,我们还可以在分数图中的组别上添加95%的置信度椭圆。 左右滑动查看更多 01 02 03 04 置信度椭圆图函数 ## 椭圆曲线图 elev=0.95, # 椭圆概率水平 pcol=NULL, # 手工添加颜色,必须满足长度的因素 cexsize=1, # 点大小 ppch=21, # 点类型,必须满足因素的长度 legcexsize=2, # 图例字体大小 legpt...
如何用R语言的ggplot2包绘制散点图? ggplot2包在R语言中主要用于做什么? 主成分分析(PCA)的结果可以用哪些方式展示? 论文 Pangenome analysis reveals genomic variations associated with domestication traits in broomcorn millet https://doi.org/10.1038/s41588-023-01571-z 论文中提供大部分图的原始作图数据,...
2. 散点图和箱线图 散点图和箱线图的差别:箱线图就是散点图把横坐标弱化的结果。弱化个体的概念,强化群体的概念,把同一个分组放到一起,就形成了箱线图。 箱线图的输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量(重复值) 箱线图: 箱线图的作用:单个基因在两组之间的表达量差异。如果是多个基因,则需要量化...
1、PCA分析和散点图 今天主要跟大家演示一下简单的PCA分析,并且以散点图的形式将结果展示出来。 首先在进行PCA分析之前,先跟大家稍微讨论下什么是PCA分析。PCA分析又叫主成分分析,其实从字面上来理解我们可以发现它其实是和样品分组相关的。举个简单的例子,我们观察了某种植物的株高、叶片大小、果实大小等等多种...
它擅长根据数据绘制轮廓以及区域放大。有兴趣可以了解以下:https://rviews.rstudio.com/2019/09/19/intro-to-ggforce/ 。实用性非常强,以后再来介绍这个包吧! 可以看到,这个本质上是散点图的PCA图仍然是不够美观,其实仅仅是因为分辨率问题,调整输出的pdf大小和像素即可...
他这个图是先用密码子的RSCU值做主成分分析,然后做散点图展示结果 加载需要用到的R包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggrepel) 读取数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ...
第一步:访问DeepSeek官网(),点击开始对话按钮进入任务提交页面(第一次使用可注册一个账号),选择版本“深度思考(R1)”,然后给DeepSeek发送消息要求生成主成分分析并使用ggplot2绘制PCA散点图的示例代码,DeepSeek生成的代码如下二 第二步:在R Studio中运行代码点击以上代码块右上角的“复制”按钮,将DeepSeek生成的代...