PLS-DA能按照预先定义的分类(Y变量)最大化组间的差异,获得比PCA更好的分离效果。 正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal PLS-DA,OPLS-DA )是一种有监督的判别分析方法,是多变量统计分析方法。OPLS-DA综合了PLS-DA和正交信号过滤(orthogonal signal correction, OSC)技术,能够把与预先设定的和分类无关的信息最大程...
而且,当无监督(PCA)无法很好地区分组间样本时,PLS-DA可以实现有效分离。并且PLS-DA和OPLS-DA所构建的分类预测模型,可进一步用于识别更多的样本类别,这是探索性的PCA方法无法做到的。 另外,PLS-DA和OPLS-DA所构建的分类模型中的载荷图可用于衡量各代谢物组分对样本分类判别的影响强度和解释能力,辅助标志代谢物的筛选。
箭头表示本OPLS-DA模型准确率所在的位置,其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,理论上R2、Q2数值越接近1说明模型越好,越低说明模型的拟合准确性越差,通常情况下,R2、Q2高于0.5较好,高于0.4即可接受。
另一类为有监督的学习方法,即在给定样本标签的情况下对训练样本进行学习,如偏最小二乘判别分析(PLS-DA) 、基于正交信号校正的偏最小二乘判别分析(OPLS-DA) 、人工神经网络(ANN) 、支持向量机(SVM) 等。其中,PCA、PLS-DA和OPLS-DA是目前代谢组学领域中使用最为普遍的多变量统计分析方法。 我们仍然是选择前面...
PLS-DA/OPLS-DA建立了代谢物表达量与分组关系之间的模型,PLS-DA和OPLS-DA可以更好地获取组间差异信息,还可以对样品的分组进行预测,这是PCA做不到的。 图:PLS-DA得分图 如图是50例小鼠的血清样本。在PCA结果中,除了BCG组外,其他四组不能在PCA得分图中很好的区分开。进行了PLS-DA分析后,各组分离的情况有所...
OPLS-DA分析中，S-plot图帮助识别与主成分和分类相关性强的代谢物，同时评估模型的R2X、R2Y和Q2值，反映模型对X和Y矩阵的解释率以及预测能力。验证图通过permutation test确定模型的最优性。要进行PCA、PLS-DA、OPLS-DA分析，可以使用如MetaboAnalyst这样的在线平台，它提供从数据预处理到模型构建和图形...
PCA 主成分分析 降维 代谢组学 SIMCA处理数据,PCA分析,PLS分析,OPLS分析 技术小白养成记 1.0万11 simca OPLS-DA图表全集合多重验证和数据解析生信和挥发性物质检测必学 99945688764_bili 36:10 代谢组数据分析 筑基中期韩立 77600 06:37 微生信平台-主成分分析(PCA)图绘制教程 ...
正交: 正交是线性代数的概念,是垂直这一直观概念的推广。作为一个形容词,只有在一个确定的内积空间中才有意义。若内积空间中两向量的内积为0,则称它们是正交的。如果能够定义向量间的夹角,则正交可以直观的理解为垂直。物理中:运动的独立性,也可以用正交来解释。 对于
正交是线性代数的概念,是垂直这一直观概念的推广。作为一个形容词,只有在一个确定的内积空间中才有意义。若内积空间中两向量的内积为0,则称它们是正交的。如果能够定义向量间的夹角,则正交可以直观的理解为垂直。物理中:运动的独立性,也可以用正交来解释。 对于一般的希尔伯特空间, 也有内积的概念, 所以人们也可以...
视频地址: 临床医生做基础科研——21.组学数据处理之PCA_PLSDA_OPLSDA 听说政治家都是语文狂 粉丝:3文章:2 关注Vip 在许多代谢组学中可使用。分享到: 投诉或建议 评论0 最热 最新 请先登录后发表评论 (・ω・) 发布1 0 5 0 登录后你可以: 免费看高清视频 多端同步播放记录 发表弹幕/评论 热门番剧...