有了这个10x官网下载pbmc3k数据集的fastq文件,很容易重新走cellranger流程,得到新的bam文件,如下所示: 14G 3月 15 11:54 possorted_genome_bam.bam 4.1M 3月 15 11:55 possorted_genome_bam.bam.bai 可以看到,之前是16G的文件,现在成为了14G ,关于这个cellranger流程,就更简单了,我们也是在单细胞天地公众...
前面的笔记:10x官网下载pbmc3k的bam文件走定量流程,我们提到了在10x官网下载pbmc3k数据集的bam文件,如下所示: 16G 6月 2 2017 pbmc3k_possorted_genome_bam.bam 然后使用bamtofastq命令把bam文件成功转为了fastq文件,自己看前面的笔记:10x官网下载pbmc3k的bam文件走定量流程,得到如下所示的文件: $ ls -lh ../...
然后以大家熟知的pbmc3k数据集为例,读取pbmc3k的seurat对象结果,大家先安装这个数据集对应的包,并且对它进行降维聚类分群,参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释,而且每个亚群找高表达量基因,都存储为Rdata文件。 library(SeuratData)#加载seurat数据集 getOption('timeout') options(timeout=10000) #Inst...