自然杀伤细胞(NK细胞,Natural Killer Cells): 占PBMC的5-15%。 作为先天免疫的一部分,NK细胞能够识别并杀死受感染或肿瘤细胞,且不依赖于抗原特异性。 2 PBMC注释的细胞类型 从umap图中看到注释出"Naive CD4 T", "CD14+ Mono", "Memory CD4 T", "B", "CD8 T","FCGR3A+ Mono", "NK", "DC", "Pla...
we will be analyzing the a dataset of Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) freely available from 10X Genomics. There are 2,700 single cells that were sequenced on the Illumina NextSeq 500. The raw data can be found here.
在临床采样的时候,全血会直接保存在抗凝管中,转运到实验室后,再从全血中分离PBMC。由于全血样本要经过一段时间才能从医院运输到实验室,所以全血样本在采样后否能保持稳定,直接关系到实验结果能否反应体内的真实情况。 笔者今天介绍的这篇文章,通过单细胞转录组测序发现:全血样本在室温保存4-6小时再分离PBMC,会导致...
PBMC单细胞测序的分群指标用于评估聚类结果的质量和可靠性。这些指标有助于评估不同的聚类算法和参数设置的性能。 其中一个常用的指标是轮廓系数,它衡量聚类的紧密性和分离性。它量化每个细胞与自己所属的簇相比其他簇的分离程度。较高的轮廓系数表示更好的聚类效果。例如,如果我们有三个簇,轮廓系数分别为0.8、0.6和...
单细胞测序:下游数据质控知多少】,本期我们将通过Seurat 对内置的PBMC数据进行标准化的全流程演示。在实操之前,我们还需要了解两点:①何为Seurat;②基于Seurat分析的单细胞数据格式是什么。 一、Seurat简介 Seurat是一个R包,被设计用于scRNA-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中...
Sequencing Saturation:测序饱和度; Fraction Reads in Cells:过滤后细胞reads数占总reads数比例。 Barcode rank统计图 Related posts 标签 BMChiper(1)BSCMatrix(1)BSTMatrix(1)BSTMatrixONT(1)BSTView(1)百创DG1000(2)百创S1000(4) 青岛公司地址:山东省青岛市黄岛区保税港区上海路20号三号楼 ...
第一包370个人外周血转录组测序和12个人PBMC单细胞测序(第二次) 第一名北京诺禾致源科技股份有限公司 RMB 35.02万元 第二名福州科丰生物科技有限公司RMB 36.00万元 第三名南京江北新区生物医药公共服务平台有限公司RMB 36.20万元 排序第一的预成交供应商为预成交人。
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "/mnt/bsd02/xwh/study2/Seurat/filtered_gene_bc_matrices/hg19") #创建对象,过滤检测少于200个基因的细胞和少于3个细胞检测出的基因 pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc", min.cells = 3, min.features = 200) ...
高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异
1. Study design and single-cell RNA pro!ling of PBMCs. 作者对采集了3例正常对照和7例川崎病患者给予IVIG治疗前后的外周血,提取PBMC进行了单细胞+TCR BCR 测序。质控之后得到84986细胞,before IVIG: 34073, after IVIG: 36225, health: 14688。