PARP-1,包含3个区域,Zn结合域(ZnⅠ、ZnⅡ和ZnⅢ结合域),自身修饰结构域(AMD)和催化域(CAT)。ZnⅠ和ZnⅡ能够帮助PARP-1识别特定的DNA损伤结构,而ZnⅢ主要是负责结构域间的联系并活化蛋白;AMD包含自身修饰位点和BRCA-1的C端结构域(BRCT);CAT由两个子域构成,二磷酸腺苷核糖转移酶(ART)结构域和α螺旋结构域。
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