调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
这是可能的,因为fastq-dump具有选项( -N和-X )来查询fastq-dump文件的特定范围,此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数,并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起,就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢,即使有多个线程,也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标...
parallelfastq-dumpwrapper Why & How NCBIfastq-dumpcan be very slow sometimes, even if you have the resources (network, IO, CPU) to go faster, even if you already downloaded the sra file (see the protip below). This tool speeds up the process by dividing the work into multiple threads....
parallel-fastq-dump マルチコアでfastq-dumpを実行できるラッパーです。 本家はpythonですがinutanoさんがbashで実装しています。 pfastq-dumpの実行にはsra-toolsのfastq-dumpとsra-statのパスを通しておく必要があります。 git clone http://github.com/inutano/pfastq-dump ...
Stiahnuť zdrojový balík parallel-fastq-dump: [parallel-fastq-dump_0.6.7-3.dsc] [parallel-fastq-dump_0.6.7.orig.tar.gz] [parallel-fastq-dump_0.6.7-3.debian.tar.xz] Správca: Ubuntu MOTU Developers (Konferencia) Please consider filing a bug or asking a question via Launchpad bef...
fastq-dump sra-stat Usage Basic usage: $ pfastq-dump -t <number of threads> [options] <path to .sra file> [<path> ...] It is strongly recommended here as well that the.sradata should be downloaded via aspera-connect/ftp/prefetch command, not by fastq-dump. ...
conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 ...