parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:4m2s (处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
conda install parallel-fastq-dump this will get you the sra-tools dependency as well. Important: Make sure the sra-tools package being installed is a recent version (>=2.10.0) to guarantee compatibility with NCBI servers, conda might try to install an older version to be compatible with exis...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
fastq-dump sra-stat Usage Basic usage: $ pfastq-dump -t <number of threads> [options] <path to .sra file> [<path> ...] It is strongly recommended here as well that the.sradata should be downloaded via aspera-connect/ftp/prefetch command, not by fastq-dump. ...
Balík: parallel-fastq-dump (0.6.7-3) [universe] Odkazy pre parallel-fastq-dump Podobné balíky: parallel fastq-dump wrapper závisí odporúča navrhuje enhances python3 interactive high-level object-oriented language (default python3 version) ...
这是可能的,因为fastq-dump具有选项( -N和-X )来查询fastq-dump文件的特定范围,此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数,并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起,就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢,即使有多个线程,也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标...
parallel-fastq-dump マルチコアでfastq-dumpを実行できるラッパーです。 本家はpythonですがinutanoさんがbashで実装しています。 pfastq-dumpの実行にはsra-toolsのfastq-dumpとsra-statのパスを通しておく必要があります。 git clone http://github.com/inutano/pfastq-dump ...