图1 Pacbio平台的CLR 和 CCS 两种测序模式。 CLR (StandardSequencing for Continuous Long Reads),称为超长测序模式,产生的数据是基于单循环测序的结果。CCS (Circular Consensus Sequencing) 会进行多次循环测序,可通过算法将得到的结果互相校正,减少测序...
从2022年下半年起,最新的建库试剂盒SMRTbell prep kit 3.0 舍弃了CLR模式,全部采用CCS建库测序模式,所以下机的subreads都要经过CCS算法将subreads去冗余转化为HiFi reads。对于Pacbio Sequel II 平台的用户,下机的subreads数据需要在服务器用SMRTlink软件里的CCS程序 或者 自己运行单独安装CCS软件进行HiFi reads的转换。
Pacbio Sequel II 平台早期支持CLR(Continuous Long Reads)和CCS(Circular Consensus Sequencing)两种测序方式。 CLR模式适用超长片段文库(> 25 kb),对下机的subreads数据不再进行后续处理,可以直接使用,用作下游分析的原始数据,唯一的缺点就是每条reads准确度低一些。 从2022年下半年起,最新的建库试剂盒SMRTbell prep...
PB=PacBio, ONT=Oxford Nanopore, CLR=continuous long reads Contig chunk 在质量分数上的累积分布曲线 将PacBio CCS reads mapping到人参考基因组GRCh37进行比对,检测结构变异、SNV和Indel的准确率和召回率(Precision & Recall),均分别大于95.99%、99.91%及95.98%。并且99.64%检测出来的变异都进行了单倍体分型。...
pacbio 测序 CLR 与 CCS reads 5、Hifi reads:HiFi reads(High fidelity reads)是 Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列,HiFi reads 具有 >99.9% (Q20)单分子 reads 准确度的准确率。 九、认识Hifi reads HiFi reads(High fidelity reads)是 Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读...
HiFi Reads全称High fidelity reads,是PacBio公司基于Sequel II平台产出的兼具长读长和高准确度的测序序列,该测序模式(CCS测序模式)一经问世,备受广大组学科研用户关注——其超长读长完美规避了二代测序short reads的天生不足,高准确度也远超之前的Sequel I平台CLR模式的,非常有助于组学研究者进一步优化数据结果,更...
通过双平台实测数据的比较分析: Nanopore平台平均读长为28.5 Kb左右,Reads N50平均读长 38Kb左右;PacBio CLR平均读长20 Kb左右,Reads N50平均读长 28Kb左右;CCS平均读长12-15 Kb,Reads N50 16~18Kb,发现Nanopore比PacBio平台读长高10 Kb左右,而PacBio CCS模式读长远低于CLR模式。
CLR序列用于基因组组装 CLR用于SV calling 基于subreads的基础,可以用NGS的短序列来对长序列进行校正后再进行基因组组装。也可以用ccs自我校正的方法得到校正后的长序列,再进行结构变异检测(方法见上文)。当ccs的阈值设定为3时,得到的序列就是HIFI reads了。 插播:NGS 校正 长序列的操作代码【velvet - HALC】 ...
从组装连续性来看,CCS reads能够做到与传统的CLR reads组装相当的结果,重要的是基因组碱基准确度得到了明显提升,基因组组装消耗的计算资源和时间大幅下降[1]。进一步利用CCS reads进行SNP、InDel等变异检测,发现CCS reads在小的变异检出率和准确度上都有显著提升,数据结果与30X的Illumina数据分析结果基本接近。
因此,PacBio 和 Nanopore 两个三代平台均可以用于结构变异检测。不同模式中 PacBio CCS 检测到的高可信SV最多,算是结构变异检测的“最强王者”,但相比之下测序成本也最高,实际项目中需要综合考虑。PacBio CLR 和 Nanopore 平台的 SV 检出相似,均可以...