我们在生物数据统计分析中,经常会听到p-value,adjusted p-value,q-value以及False discovery rate(FDR)。比如最常见实验组和对照组的差异基因表达分析,除了获得一个p值(p-value),通常而言还会得到一个adjusted p-value或者FDR(false discovery rate)。那么他们之间到底有什么关系,为什么已经有了一个p-value来指征显...
总之，理解并正确使用这些指标，如p-value、adjusted p-value（q-value）和FDR，对于防止因多重检验导致的误导性结果至关重要。在进行大规模数据分析时，需要综合考虑这些指标，以确保科研结论的准确性和可靠性。
FDR的控制方法，延伸出了一个被校正后的p value的概念（比P value更严格），称之为Q value，这个概念是最早是John Storey（2002）提出的。在一般情况下，大家可以简单一些理解，FDR、Q value、Adjusted p-value指的是一个东西。参考： http://www.omicshare.com/forum/thread-260-1-12.html ...
p-value:衡量一次检验假阳性率的指标(False positive rate) ; q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。所以一般情况下:我们可以认为Q...
p-value:表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著,一般认为p-value<0.05为显著。adjusted p-value:即经过统计学方法校正后的p-value,由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等,所以在一些文章中,我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著,但直接用adjusted p-value画图的话点会...
数据结果展示如下图所示(两分组)众多参数中,重点看三个。p-value或q-value没有做生物学重复请跳过这一步。p-value或q-value是统计学检验变量,代表差异 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 FDR值是0-1之间,数值越小越是统计显著,也越是我们关注的。-Log 10 (adjustedP-value)转换后正好是反了多来,...
pak说:这个太重要了,对于大数据时代的统计而言。 一般情况下:我们可以认为Q value = FDR = adjusted p value,即三者是一个东西,虽然有些定义上的细微区别,但是问题也不大。 参考:浅谈多重检验校正FDR 待续~
如在该研究中,明确说明Linear trend was examined by using themediansof energy-adjusted B vitamin quintiles as a continuous variable. 将连续型变量分组后,基于组中值的趋势性检验,可以避免极端值对结果的影响,但不可避免也损失了部分信息。 Q 当无法获取每组的中...
terminology "q-value" for a quantity estimates his definition of FDR. He implemented q-value estimation procedures in an R package called qvalue.So, strictly speaking, the q-value and the FDR adjusted p-value are similar but not quite the same. However the terms ...
p-value:衡量一次检验假阳性率的指标(False positive rate) ; q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。所以一般情况下:我们可以认为Q...