在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外。 如果你用的是其他软件,手动将结果改动。可先用NA填充,...
在统计学中,p值(p-value)是一种用于衡量统计假设检验结果的概率。它表示在原假设为真的情况下,观察到的样本数据或更极端结果出现的概率。p值的范围从0到1,越小表示观察到的结果发生的概率越低,即越不符合原假设。通常,p值小于0.05被认为是统计显著的,意味着结果在5%的显著性水平上是可信的。 p值为0的含义...
在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外。 如果你用的是其他软件,手动将结果...
而是整数0首先请你理解一下p-value的意义，p-value=0意味着t是正负无穷，显然beta不可能是正负无穷，...
--output-min-p 1e-99，即将⼩于1e-99的pvalue都当成1e-99，0也不例外。如果你⽤的是其他软件，⼿动将结果改动。可先⽤NA填充，再以最⼩值或更⼩值替换，如：dat[dat==0] <- NA dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01 为何会出现pvalue为0的时候？好好想想。。。
通常通过两个参数进行DEGs的筛选,分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中,LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数,Pvalue和FDR是两个常用的统计指标,用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的显著性评估标准,它考虑了多重比较的影响。 调整影响FDR的因素: ...
p值，也称显著性值或者Sig.值，用于描述某件事情发生的概率情况，其取值范围是0~1，不包括0和1，通常情况下，一般有三个判断标准一个是0.01、0.05以及0.1。在绝大多数情况下，如果p值小于0.01，则说明至少有99％的把握，如果p值小于0.05（且大于或等于0.01），则说明至少有95％的把握，如果...
代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -log10(5e-324)#[1]323.3062 想到前面那个用edgeR差异分析绘制的火山图好像也是这个边界 P值竟窜天高,我的流程错了吗 数据集edgeR分析结果 可以发现确实在5e-324范围内,超出这个范围就显示为0.000000e+00 这就是为什么我们有时发现-log10Pvalue可以达到两三百 ...
Family Wise Error Rate校正法控制假阳性率为0 Family Wise Error Rate是控制全部比较中至少出现一次Type I error的概率,也就是控制假阳性率为0。这是很严格的方式。 通常有两种计算方法: Bonferroni correction方法 如果要维持整个检测 (做了m次检测)的Type I error rate < 0.05,则需要设定p-value为0.05/m作为...
P-value，表示在相应F值下的概率值。F-crit，是在相应显著水平下的F临界值。在统计分析上可以通过P-value的大小来判断组间的差异显著性，通常情况下，当0.05时没有显著差异，介于二者之间时有显著差异。也可通过F值来判断差异显著性，当F>=F crit时，有显著(或极显著)差异。F检验只能在总体上来...