p-adjust clusterProfiler包中的enrichKEGG函数和enrichGO函数的默认p值校正方法为BH法 qvalue enrichKEGG函数和enrichGO函数都包含一个用于富集的函数enricher_internal(这个函数属于R包DOSE),而在enricher_internal里,qvalue是用R包qvalue里的qvalue函数算的,用的是bootstrap方法,bootstrap方法是Storey提出的,所以大概...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID表...
在统计分析中，p-value、p-adjust和q-value是三个关键概念，它们在检验假设和控制错误率中扮演重要角色。p-value是一个在假设检验中使用的统计量，它衡量在原假设（H0）成立的前提下，观察到特定结果的概率。当p值小于预先设定的阈值（如0.05），这暗示观察结果可能不支持H0，倾向于接受备选假设（H1...
我们在生物数据统计分析中,经常会听到p-value,adjusted p-value,q-value以及False discovery rate(FDR)。比如最常见实验组和对照组的差异基因表达分析,除了获得一个p值(p-value),通常而言还会得到一个adjusted p-value或者FDR(false discovery rate)。那么他们之间到底有什么关系,为什么已经有了一个p-value来指征显...
矫正P值(adjust P value),是指在大量重复假设检验过程中,为了控制错误发现率,采用统计学方法对得到的p值进行矫正。 比如,在一次假设检验中,检验水平 α=0.05,即I类错误(弃真)概率。那么在1000次假设检验中,I类错误可能有 1000 x 0.05 = 50次。在我们对2万个基因进...
p-value,p-adjust,q-value (109条消息) p-value,p-adjust,q-value三者的定义与使用_小C_先生的博客-CSDN博客_adjust p value (109条消息) p-value,q-value,FDR_hyena_7的博客-CSDN博客_pvalue和qvalue区别 假阴性错误(false-negative errors) : 高 水平的基
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
main = "P-value adjustments") legend(.7,.6, p.adjust.M, col=1:6, lty=1:6) ## Can work with NA's: pN <- p; iN <- c(46,47); pN[iN] <- NA pN.a <- sapply(p.adjust.M, function(meth) p.adjust(pN, meth))
Benjamini-Hochberg (BH) 程序假定每个测试都是独立的。例如,如果被测试的特征相互关联,就会发生相关测试。让我们计算 BH 调整后的 p 值,并将其与我们之前使用 Holm 校正的 FWER 结果进行比较: df['p_value_bh'] = adjust_pvalues(df['p_value'], 'fdr_bh') ...