主要方法：将其中某一组设置为实验组，其余几组统一设置为对照组。 第一步读取数据，合并表达矩阵和分...
FDR(false discovery rate),是统计学中常见的一个名词,翻译为伪发现率,其意义为是 错误拒绝(拒绝真的(原)假设)的个数占所有被拒绝的原假设个数的比例的期望值。 //FDR是个期望值 2.利用Benjamini–Hochberg方法计算FDR的计算及R语言实现 FDR的计算相当简单,包括以下几步: 1.对p值进行从小到大的排序,标记上...
p-value:表示某个基因在分组之间的表达是否差异显著,一般认为p-value<0.05为显著。adjusted p-value:即经过统计学方法校正后的p-value,由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等,所以在一些文章中,我们也会看到筛选差异基因的阈值是FDR<0.05。p值越小差异越显著,但直接用adjusted p-value画图的话点会集中...
公式:p * (n/i), p是这一次检验的pvalue,n是检验的次数,i是排序后的位置ID(如最大的P值的i值肯定为n,第二大则是n-1,依次至最小为1)。 将计算出来的FDR值赋予给排序后的p值,如果某一个p值所对应的FDR值大于前一位p值(排序的前一位)所对应的FDR值,则放弃公式计算出来的FDR值,选用与它前一位相...