OPLS-AA力场是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质。其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能;非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。其中,LJ对相互作用采用混合法则,如标准混合法则LB。 OPLS-AA力场与TraPPE力场的参数化策略不同,其非键参数来源于对模型...
OPLS-AA力场是一种全原子力场,适用于液体体系的模拟。它包括了键结作用和非键相互作用,其中键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能,非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。OPLS-AA力场在模拟液体体系方面表现出色,但它可能并不适用于所有类型的分子或所有类型的模拟。 二、氧化石墨...
氧化石墨烯是一种具有特殊结构和性质的材料,其模拟需要使用适当的力场.opls-aa力场可以用于模拟氧化石墨烯的结构和性质.例如,可以使用opls-aa力场在分子动力学模拟软件中模拟氧化石墨烯的力学性质,热学性质,电学性质等. 但需要注意的是,opls-aa力场是一种相对通用的...
1)复制该文件smile格式 2)draw molecule空白框内右键单击,之后选择paste smiles 3)输入smiles之后选择accept 10、点击generate 3D 11、输入邮箱之后点击提交 12、弹出以下页面: 13、点击链接进去就是所需要的力场文件,分别有itp,gro和lammps data格式的文件,需要等待一会儿,同时,完成后你的邮箱里也会收到结果: 14、...
这里采用的是原始的OPLSAA力场参数。上述论文中的优化参数可根据本例中提供的文件进行简单修改得到。全氟聚醚主要有四种结构。本例中实现的是PFPE K。其他结构通过修改对应的.lt文件就可得到。 PFPE K 聚合度100 以下为对应的各个文件:...
在LAMMPS中,用户可以选择使用OPLS-AA力场来模拟包含氧化石墨烯等有机分子的系统。 三、如何使用LAMMPS和OPLS-AA模拟氧化石墨烯? 使用LAMMPS和OPLS-AA模拟氧化石墨烯的行为或性质通常涉及以下步骤: 1. 设置模拟参数:包括温度、压力、时间步长等...
最近我建立一个带有碳氮双键的有机单体,用的是oplsaa力场,但是我在moltemplate这个软件的力场文件里,...
2) 一个热物理方程(热机)的结果(效率),只与方程的边界(热源温度)有关,与工质属性(方程本身)...
基于蛋白质卷曲库改进OPLS-AA分子力场 下载积分:2990 内容提示: 基于蛋白质卷曲库改进 OPLS-AA 分子力场 蒋帆1 ,周晨阳2 ,吴云东1,2,* 1 北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院,深圳市西丽大学城北京大学校区,518055 2 北京大学化学与分子工程学院,北京市海淀区北京大学,100871 *Email: chydwu@ust....
。如图2所示,一个残基SER中的itp中的力场信息。希望各位朋友可以提供一点帮助,将不胜感激 ...