2)draw molecule空白框内右键单击,之后选择paste smiles 3)输入smiles之后选择accept 10、点击generate 3D 11、输入邮箱之后点击提交 12、弹出以下页面: 13、点击链接进去就是所需要的力场文件,分别有itp,gro和lammps data格式的文件,需要等待一会儿,同时,完成后你的邮箱里也会收到结果: 14、lammps data文件如下: 12...
1) 把卡诺热机数学处理：工质属性，规律是物理方程，热源的温度是方程的数学边界。 卡诺定律表述为：2)...
使用acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理(比如硫酸根O-S-O的键角都是120度)，...
我用的是OPLSAA力场,gromacs包含了Jorgensen开发的力场参数,但是我这个参数的原子类型有一部分是来自于别人...
楼主，这不是gromacs里带的吗？你这个有什么特别呢？
在charmm力场和和oplsaa力场都有定义并且func都是1的话，那么这种化学键在这两种力场里面的参数，是相同...
PDB文件，这个用GaussView之类的分子建模工具都可以建），就会生成对应的OPLS-AA力场参数文件，适用于不同...
tinker里也有很多力场参数
隔壁 @刘书乐提供了OPLS-AA的参数生成网站，可参考。还有就是推荐GAFF力场和Generalized Charmm力场，这俩...