2-OPLS-DA的S-plot图 越靠近两个角的代谢物重要度越强。红色的点表明这些代谢物的VIP值大于等于1 , 绿色的点表示这些代谢物的VIP值小于等于1。 3-OPLS-DA的模型验证permutation Test图 模型验证 permutation Test 图的横坐标表示模型的准确率,纵坐标表示200次 permutation Test 中200个模型的准确率的频数,箭头...
OPLS-DA:OPLS-DA通过正交成分的引入,可以更好地解释数据中的噪声和干扰,从而提高了模型的解释性。OPLS-DA可以通过检查预测成分的负荷(loadings)来确定哪些代谢物对于不同组别的区分起到了主要作用。 简单来讲,Pls-DA适用于简单的分类问题;而OPLS-DA通过引入正交成分,提高了模型的解释性,适用于复杂的代谢组学数据分析。
Gut | 微生物胆盐水解酶在粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染中的作用 评估. (A)PCA评分图;(B)OPLS-DA评分图,比较 FMT 前和FMT后样本;© FMT 前与 FMT后数据的OPLS-DAS(正交投影对潜在结构的判别分析... Benjamini-Hochberg 矫正。当平均比例指数之间的差异阈值>1%时表示组间存在显著差异。A,供体和FMT处理前...
语言中OPENSSL包作用opls 一、ropls包简介ropls包可以实现PCA、PLS(-DA)和的分数和正交距离,以及许多图形(分数、加载、预测、诊断、异常值等)。 二、背景知识偏最小二乘法(PLS)是一种基于预测器和因变量之间协方差 前言Apply系列 函数 和函数式编程特性,由于拥有...
R语言中OPENSSL包的作用r语言opls-da 一、ropls包简介ropls包可以实现PCA、PLS(-DA)和OPLS(-DA)方法,包括R2和Q2质量指标,VIP值的计算,检测异常值的分数和正交距离,以及许多图形(分数、加载、预测、诊断、异常值等)。二、背景知识偏最小二乘法(PLS)是一种基于预测器和因变量之间协方差的潜在变量回归方法,已被...