③如何利用置换检验结果来评估OPLS-DA模型在OPLS-DA模型中，置换检验发挥着关键作用。它涉及随机打乱实验组和对照组的分组标签（Y变量），并多次（通常为n=200次）构建相应的OPLS-DA模型，以获取随机模型的R2X、R2Y和Q2值。其中，Q2值反映了模型对数据方差的预测能力，即预测率，其值越大，模型的预测能力越强。...
在OPLS-DA中,R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值,暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验(permutation test)时,通常会生成一个模型参数(如R2或Q2)与随机置换次数的关系图。在这种情况下,如果斜率是负的,它可能指的是随着置换...
表明PLS-DA可对CBPs、YBPs、BBPs和PBPs进行良好判别,但对于BBPs和PBPs的判别效果不理想,故对两者进一步作OPLS-DA分析。 如图4A2、B2所示,OPLS-DA模型R2Y=0.991、Q2=0.841,表明模型对分类变量Y的解释率为99.1%,且Q2>0.50,说明模型的预测效果好;由置换检验结果可知,R2截距为0.347,Q2截距 为-0.639,表明模型的...
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测...
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测率,该值越大表示该模型的预测能力越优;R2Y值为模型的...
OPLS-DA，作为PLS-DA的升级版，通过分离与响应变量无关的噪声信息，将自变量X中的正交成分（即无关信息）与预测成分（与Y相关的信息）进行明确区分。这使得OPLS-DA模型在解释性上更胜一筹，能够更加直观地揭示数据中的主要趋势和结构。接下来，我们将通过R语言中的ropls包，对iris数据集进行OPLS-DA分析。iris数据...
OPoS-DA置换检验, 过拟合, 偏最小二乘回归, Q2值, p值, 交叉验证, 模型稳定性, 模型复杂度, 外部验证
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测率,该值越大表示该模型的预测能力越优;R2Y值为模型的...
05就很好了。所以可以看出图2的置换检验结果also good，但不是很理想，有一定的过拟合，要警惕结果的假阳性。总结一下，OPLS-DA模型不能只看得分图能不能分开，而是要看R2Y和Q2Y的得分值以及外部检验的结果是否通过。可以说，写文章时如果只秀能分开的得分图，不展示得分值和检验结果，那是赤裸裸的耍流氓。
OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)是一种用于多变量分类和特征选择的统计方法,尤其适用于代谢组学等组学研究中的差异变量筛选。其核心是通