OPLS-DA评价模型的参数有R2X,R2Y和Q2,其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,这三个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠,Q2 >0.5时可认为是有效的模型,Q2 >0.9时为出色的模型。 ■■■ OPLS-DA模型验证图 上图为OPLS-DA模型验证图,图中横坐标表示模型R2Y,Q2值,纵坐标是...
从图中可以看出Q2为0.994 , R2Y为1 , R2X为0.685 , Q2和R2Y的P值均小于0.01,说明 permutation test 中随机分组模型没有结果优于本OPLS-DA模型,一般情况下P<0.05时模型最佳。 绘图平台 登入链接:https://www.metaboanalyst.ca/ MetaboAnalyst 是一个代谢组学数据分析的综合平台。在当前的 MetaboAnalyst (V5....
正交偏最小二乘法判别分析（OPLS-DA）是一种多因变量到多自变量的回归建模方法。它是一种有监督的判别分析统计方法。该方法的特点是可以去除自变量X中与分类变量Y无关的数据变化，使分类信息主要集中在一个主成分上，有效滤除与分类信息无关的噪音，从而使得模型简单易懂，提高了模型的解析能力和有效性。其在代谢组...
R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,它们的值越接近于1表明模型的拟合度越好,训练集的样本越能够被准确划分到其原始归属中。 permI参数可调节随机排列次数。 4-OPLS和OPLS-DA # 分组以性别为例 # 通过orthoI指定正交组分数目 # orthoI = NA时,执行OPLS,并通过交叉验证自动...
正交偏最小二乘方-判别分析(OPLS-DA) 为了消除与分类不相关的噪音信息,同时也为了获得导致两组之间显著差异的相关代谢物信息,我们采用正交偏最小二乘方判别分析(OPLS-DA)过滤与模型分类不相关信号即正交信号,获得OPLS-DA模型。对模型的质量用交叉验证法进行检验,并用交叉验证后得到的R2X 和Q2(分别代表模型可解释...
结果中,R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2标示模型的预测能力,它们的值越接近于1表明模型的拟合度越好,训练集的样本越能够被准确划分到其原始归属中。 性别监督的PLS-DA模型。 左上图,展示了3个正交轴的R2Y和Q2Y。 由上图,PLS-DA模型的R2Y和Q2Y与随机置换数据后获得的相应值进行比较。
离群点展示(左下) :通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及正交平面的坐标,并标明相互差异较大的样本。 x-score plot(右下) :各样本在PLS-DA轴中的坐标;R2X、R2Y等值展示在下方,用于评估模型优度: 与其说是可视化方法,不如称为数据提取章节。 通过变量投影重要度(Variable Importance for the Project...
OPLS-DA评价模型的参数有R2X,R2Y和Q2,其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,这三个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠,Q2 >0.5时可认为是有效的模型,Q2 >0.9时为出色的模型。 ■■■ OPLS-DA模型验证图 上图
OPLS-DA评价模型的参数有R2X,R2Y和Q2,其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,这三个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠,Q2 >0.5时可认为是有效的模型,Q2 >0.9时为出色的模型。 ■■■ OPLS-DA模型验证...
OPLS-DA 模型的置换检验图 该图中的横坐标表示置换保留度,就是与原模型Y变量顺序一致的比例,若置换保留度为1,即为原OPLS-DA模型的R2和Q2。纵坐标表示 R2Y 或 Q2 的取值,两条虚线分别表示 R2Y 和 Q2 的回归线。如果随着置换保留度的下降,R2和Q2下降,回归线呈向上的趋势,说明置换检验过关,模型不存在过拟合...