Q2表示PLS-DA模型的预测效果,一般Q2大于0.5表示预测能力较好,并且R2与Q2的值应该比较接近。 模型验证图 permutation test的横坐标表示模型的准确率,纵坐标表示100次 permutation test 中100个模型的准确率的频数,箭头表示本PLS-DA模型准确率所在的位置。 ③OPLS-DA图形解读 横坐标表示OSC过程中的主要成分的得分值( ...
在非靶向代谢组学研究中，PLS-DA（偏最小二乘判别分析）和OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）是两种...
OPLS-DA:OPLS-DA通过引入正交成分,将数据分解为预测成分和正交成分,从而提高了模型的解释性。正交成分捕获了与类别无关的变异,使得预测成分更加清晰地反映与类别相关的信息。 3.数据解释: Pls-DA:Pls-DA提供了一个整体的分类模型,但它不能直接解释哪些代谢物对于不同组别的区分起到了主要作用。因此,Pls-DA在解释...
另一类为有监督的学习方法,即在给定样本标签的情况下对训练样本进行学习,如偏最小二乘判别分析(PLS-DA) 、基于正交信号校正的偏最小二乘判别分析(OPLS-DA) 、人工神经网络(ANN) 、支持向量机(SVM) 等。其中,PCA、PLS-DA和OPLS-DA是目前代谢组学领域中使用最为普遍的多变量统计分析方法。 我们仍然是选择前面...
R包ropls的PCA、PLS-DA和OPLS-DA 在代谢组学分析中经常可以见到主成分分析(PCA)、偏最小二乘判别分析(partial least-squares discrimination analysis,PLS-DA)、正交偏最小二乘判别分析(orthogonal partial least-squares discrimination analysis,OPLS-DA)等分析方法,目的为区分样本差异,或在海量数据中挖掘潜在标志物。
PLS-DA model of the gender response 显著性诊断(左上):实际和模拟模型的R2Y和Q2Y值经随机排列后的散点图,模型R2Y和Q2Y(散点)大于真实值时(横线),表明产生过拟合2。 Inertia(惯量)柱形图(右上):通过展示累计解释率评估正交组分是否足够 离群点展示(左下):通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及...
OPLS-DA) 来代替PCA，有点类似于我们前面的使用局部基因（免疫相关基因）后的PCA，它天然就可以把我们的生物学分组很好的区分开来。首先在bioconductor有一个包mixOmics可以做偏最小二乘判别分析（PLS-DA) 分析，代码如下所示：# 我们的 group_list 分组，就是这个样品队列的免疫高低 ...
R包ropls的PCA、PLS-DA和OPLS-DA 在代谢组学分析中经常可以见到主成分分析(PCA)、偏最小二乘判别分析(partial least-squares discrimination analysis,PLS-DA)、正交偏最小二乘判别分析(orthogonal partial least-squares discrimination analysis,OPLS-DA)等分析方法,目的为区分样本差异,或在海量数据中挖掘潜在标志物。
主成分分析 降维 代谢组学 SIMCA处理数据,PCA分析,PLS分析,OPLS分析 技术小白养成记 1.0万11 simca OPLS-DA图表全集合多重验证和数据解析生信和挥发性物质检测必学 99945688764_bili 36:10 代谢组数据分析 筑基中期韩立 77600 06:37 微生信平台-主成分分析(PCA)图绘制教程 ...
视频地址: 临床医生做基础科研——21.组学数据处理之PCA_PLSDA_OPLSDA 听说政治家都是语文狂 粉丝:3文章:2 关注Vip 在许多代谢组学中可使用。分享到: 投诉或建议 评论0 最热 最新 请先登录后发表评论 (・ω・) 发布1 0 5 0 登录后你可以: 免费看高清视频 多端同步播放记录 发表弹幕/评论 热门番剧...