OPLS-AA力场是一种全原子力场,适用于液体体系的模拟。它包括了键结作用和非键相互作用,其中键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能,非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。OPLS-AA力场在模拟液体体系方面表现出色,但它可能并不适用于所有类型的分子或所有类型的模拟。 二、氧化石墨...
opls-aa(optimized potentials for liquid simulations - all atom)是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质.其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用.键结作用包括harmonics键长和键角势能,fourier扭矩势能;非键相互作用包括lj势和coulomb势.其中,lj对相互...
OPLS-AA力场与TraPPE力场的参数化策略不同,其非键参数来源于对模型分子的凝聚相体系在沸点或室温下密度、蒸发焓等实验性质的拟合,因此在凝聚相体系的模拟计算中效果良好。此外,OPLS包含两套力场,OPLS-AA(全原子力场)和OPLS-UA(联合原子力场,不考虑氢原子)。 在模拟计算中,OPLS-AA力场被广泛应用,例如使用Gromacs软件...
本人的老师要求我学会安装和使用OPLS-AA/M力场的GROMACS 之前只使用过GAFF力场,我已经按照这个图片的教程...
tinker里也有很多力场参数
OPLS-AA是一种分子力场,用于描述分子间的相互作用。这种力场在模拟液体和有机分子时特别受欢迎,因为它提供了对这些系统行为的准确描述。在LAMMPS中,用户可以选择使用OPLS-AA力场来模拟包含氧化石墨烯等有机分子的系统。 三、如何使用LAMMPS和OP...
我试了一下,用oplsaa力场还是不太可以,碳氮双键还是匹配不到,可能只有Ligpargen可以匹配到,不过还是...
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场,试了一些软件,topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊,不像Gromos力场,prodrg好强大,直接把itp,gro等等都生成出来了,兼容性也大。但是,我还是想跑oplsaa力场,oplsaa力场跑出来的更加精细,请求大侠帮助啊??能给个...
2 在Atom Type Definitions这部分,把你要粗粒化的原子留着不要动,其他的删除。其他部分不要动。保存起来,重命名为oplsaa_subset.prm。比如要粗粒化CH3和CH2基团,如下图所示。3 把oplsaa_subset.prm这个文件放到lammps/tools/moltemplate/moltemplate/depreciated这个路径下。因为在这个路径下有另一个我们需要的...
OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场; 聚合物建模方法; Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 聚合物PDB文件生成; 开始模拟。 本文中所用到的文件可以在以下链接获取: 链接:https://pan.baidu.com/s/1UgZ0j2Wr1w1URTdzdlS-1Q提取码: 8mrg 1