OpenBabel 分割多分子sdf文件Python调用OpenBabel的API实例,来自openbabel手册,网址点击打开链接手册importpybelformolinpybel.readfile("sdf","NatProduct.sdf"):mol.write("sdf","%s.s… 阅读全文 基于Python的OpenBabel 2.4.1实战(1) 基于OpenBabel2.4
OpenBabel 分割多分子sdf文件 Python调用OpenBabel的API实例,来自openbabel手册,网址点击打开链接手册 import pybel for mol in pybel.readfile("sdf", "NatProduct.sdf"): mol.write("sdf", "%s.sdf" % mol.title) 分割效果 含有133个分子的sdf'格式文件,分割为了133个单个分子的sdf文件。发布...
Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。 Open Babel由C/C++编写,并提供C ++,Perl,Python等的API接口方便开发。 Open Babel的编译安装,尤其编译安装绑定Python比较麻烦,现在通过conda安装openbabel带来了很...
如何在Python中使用Open Babel? 技术背景 Open Babel是化学领域常用的一个文件格式转换工具,它可以支持xyz的坐标格式、SMILES表达式、InChI表达式和mol以及mol2等格式之间的互相转化。比如说,你只有一个甲烷的SMILES表达式C,那么你就可以使用Open Babel将其转化成一个mol2文件,这样就可以用vmd等工具进行分子的可视化(参考...
Open Babel是一款开源自由软件，能够进行化学结构文件格式的相互转换，通过C++编写并提供C++、Perl、Python等多种API接口，方便开发使用。为了在CentOS 7下编译安装Open Babel 2.4.1并绑定Python，首先需下载Open Babel 2.4.1的安装包，通过下载地址进行下载。其次，安装boost库，这是Open Babel运行所需的...
OpenBabel 分割多分子sdf文件 Python调用OpenBabel的API实例,来自openbabel手册,网址点击打开链接手册 实例 ...
简介:Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(二) OpenBabel 分割多分子sdf文件 Python调用OpenBabel的API实例,来自openbabel手册,网址点击打开链接手册 实例 import pybelfor mol in pybel.readfile("sdf", "NatProduct.sdf"):mol.write("sdf", "%s.sdf" % mol.title) ...
简介:Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三) Python调用OpenBabel的API,输出sdf文件中分子的分子量 官网手册地址:点击打开链接 第一种方式 from pybel import * for molecule in readfile("sdf","Sofosbuvir.sdf"): print molecule.molwt ...
Open Babel是用C++编写的,但它提供了C++、Perl、Python等语言的API接口,方便开发者使用。无论你是编程新手还是资深开发者,都能找到适合自己的接口。 常用格式转换命令 mol2转pdbqt 将mol2格式的文件转换为pdbqt格式,命令如下: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb转mol2 ...
Python91442UpdatedJul 12, 2024 openbabel.github.ioPublic The Open Babel websitehttps://openbabel.org HTML219522UpdatedFeb 18, 2024 msvc-dependenciesPublic 3rd party dependencies for building Open Babel with MSVC C++0100UpdatedMay 17, 2020