babel -ipdbqt example.pdbqt -opdb example.pdb 验证转换结果: 转换完成后,你可以使用PyMOL或其他分子可视化工具打开生成的PDB文件,以验证转换是否成功。 通过以上步骤,你可以轻松地将PDBQT文件转换为PDB文件。如果你对OpenBabel的命令行工具不熟悉,也可以考虑使用OpenBabel的Python API来进行转换,但通常babel命令行...
把xyz格式文件转换成pdb格式文件: obabel C.xyz -ixyz -opdb -O C.pdb 支持118种格式,如xyz、mol、mol2、pdb、smi,Gaussian文件gjf、log、fchk,ChemDraw文件cdx等。可以从没有成键信息的xyz文件转换为有成键信息的mol文件。 3.转换SMILES 生成甲烷的mol文件: obabel -:C --gen3d -omol -O C.mol 若...
常用分子格式转换命令 mol2格式转pdbqt格式: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb格式转mol2格式: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles格式转2D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles格式转3D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
OpenBabel不支持pdbqt格式，它只支持PDB、MOL和SDF等格式。如果您需要将PDB文件转换为MOL或SDF格式，可以使用其他软件，如VMD或Marvin等。
1、设置输入格式,选择输入文件1IEP.pdb。 2、设置转换参数,此处按默认参数。 3、设置输出结构类型pdbqt,为输出结构的文件命名。 4、点击Convert进行格式转换。 四、小分子smi转换为pdbt 1、设置输入格式,选择输入文件AAAA.smi。 2、设置转换参数,此...
关于命令1的使用示例输入xxxxxx.pdbqt,输出xxxxx.mol2(xxxxxx这个文件任意)babel -ipdbqt xxxxxx.pdbqt -omol2 xxxxxx.mol2输入xxx.pdb,输出xxx.mol2(xxx这个文件任意)babel -ipdb xxx.pdb -omol2 xxx.mol2解释:babel [-i(input-type)] (name) [-o(output-type)] (name)[-i(input-type)] 是需要...
下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果 4.对接结果简单处理演示 我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 ? 8.9K52 在博客园随笔中插入3D分子模型 由于不需要安装什么特定的软件(假设你已经生成好了一系列的分子模型用于展示,否则可以参考前面这篇博客用openbabel去生成一些...
感谢老师回复，我发现转到pdb或者mol2格式，其结构都是正常的，但是转化成pdbqt就出现上述情况。不过我...
感谢老师回复，我发现转到pdb或者mol2格式，其结构都是正常的，但是转化成pdbqt就出现上述情况。不过我...
关于命令1的使用示例输入xxxxxx.pdbqt,输出xxxxx.mol2(xxxxxx这个文件任意)babel -ipdbqt xxxxxx.pdbqt -omol2 xxxxxx.mol2输入xxx.pdb,输出xxx.mol2(xxx这个文件任意)babel -ipdb xxx.pdb -omol2 xxx.mol2解释:babel [-i(input-type)] (name) [-o(output-type)] (name)[-i(input-type)] 是需要...