mol2转pdbqt: ```sh obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt ``` pdb转mol2: ```sh obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 ``` smiles转2D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d ``` smiles转3D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
1、桌面上建立一个Work文件夹 2、从Protein Data Bank 中下载胰岛素(4ins)的PDB文件,并将其保存在“Work”文件夹中 3、将文件输入格式设置为PDB,将文件名设置未下载的PDB文件 4、将工作文件夹中输出文件格式设置为MOL,并将输出文件名设置为file:...
常用分子格式转换命令 mol2格式转pdbqt格式: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb格式转mol2格式: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles格式转2D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles格式转3D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
mol2转pdbqt 将mol2格式的文件转换为pdbqt格式,命令如下: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb转mol2 将pdb格式的文件转换为mol2格式,命令如下: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles转sdf(2D) 将smiles格式的文件转换为2D的sdf格式,命令如下: obabel ligands.smi -O...
楼主求助，我也在纠结这个PDB转成mol2，第一次用openbabel。不会转，网上又找不到教程。真心求助！
支持118种格式,如xyz、mol、mol2、pdb、smi,Gaussian文件gjf、log、fchk,ChemDraw文件cdx等。 可以从没有成键信息的xyz文件转换为有成键信息的mol文件。 3.转换SMILES 生成甲烷的mol文件: obabel -:C --gen3d -omol -O C.mol 若要得到坐标,--gen3d不可少。
使用openbabel将xyz格式文件转换成pdb格式文件: ```css obabel -o pdb -O ``` 支持118种格式,如xyz、mol、mol2、pdb、smi,Gaussian文件gjf、log、fchk,ChemDraw文件cdx等。 3.转换SMILES: 使用openbabel将SMILES字符串转换为mol文件: ```css obabel -:SMILES字符串--gen3d -omol -O ``` SMILES会默认...
转换前分子mol2 @<TRIPOS>MOLECULE 46215462 72 78 0 0 0 SMALL GASTEIGER @<TRIPOS>ATOM 1 N ...
感谢老师回复，我发现转到pdb或者mol2格式，其结构都是正常的，但是转化成pdbqt就出现上述情况。不过我...
OpenBabel转换一种化学结构文件到另外一种化学结构文件,如转换pdb结构文件到mol2结构的文件。下面就sd文件转换到mol2格式文件为例。 在图中1处选择需要转换的文件格式,这里是sd文件,选择对应的sd格式即可。需要注意的是,无论是输入文件格式还是输出文件格式都是按照字母排序的,可以快速的定位文件格式。