将pdb格式的文件转换为mol2格式,命令如下: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles转sdf(2D) 将smiles格式的文件转换为2D的sdf格式,命令如下: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles转sdf(3D) 将smiles格式的文件转换为3D的sdf格式,命令如下: obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
常用分子格式转换命令 mol2格式转pdbqt格式: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb格式转mol2格式: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles格式转2D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles格式转3D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
pdb转mol2: ```sh obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 ``` smiles转2D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d ``` smiles转3D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen3d ``` sdf转smiles(删除氢): ```sh obabel ligands.sdf -osmi -O ligands.s...
openbabel转换mol2 文心快码BaiduComate 要使用OpenBabel将mol2文件转换为其他格式,你可以按照以下步骤进行操作。这里我会提供一个Python代码示例来演示如何使用OpenBabel库来完成这个任务。假设我们要将mol2文件转换为sdf格式,但你可以根据需要更改输出格式。 导入OpenBabel库 首先,你需要确保已经安装了OpenBabel库以及它...
点击左上角红框中的…按钮,在右下角红框中选择All Chemical Formats,选择需要分割的sdf文件。注意若在input below前打勾,则…按钮会显示为灰色。 在右侧红框中选择导出格式为mol2,选择导出位置(这里文件名可以随便填没有影响),在中间红框标记的选项前打勾。若先打勾再选格式则中间的选项会被刷新,需要重新选择...
官方提示需要小分子格式为Tripos/Mol2 or MDL/sdf v2000 于是使用OpenBabel把SDF格式转为Mol2。 1. 下载GUI(有win版64/32位安装程序、PYTHON和LINUX版本): http://openbabel.org/wiki/Main_Page 2. 安装 3. 在界面左侧选择原始SDF文件和相应格式,右侧选择输出格式和路径,点CONVERT即可。
命令非常简明易懂,但是笔者写的绝大部分脚本都是python的脚本,因此笔者更喜欢编写一个能进行xyz和sdf格式转化的python脚本【当然,在python可以用os.system()函数来模拟命令行,但是感觉太绕】。因此写了下面这个函数: from openbabel.pybel import (readfile,Outputfile) def MolFormatConversion(input_file:str,output...
2.确定输入格式:确定你要转换的化学物质的输入格式。Open Babel支持各种输入格式,如SMILES、InChI、MOL、SDF等。你可以根据你所拥有的关于化学物质的信息选择适当的输入格式。 3.创建输入文件:创建一个包含化学物质信息的文本文件。根据你选择的格式,你可以使用相应的约定编写化学物质信息。例如,如果选择了SMILES格式,你...
tools将mol2转化为pdbqt文件后，在discovery studio中看，化学键全是断裂的。但是使用pymol看却是正常的...
obabel ligands.sdf -O ligands.mol2 结果如下: obabel ligands.sdf -O ligands.mol2 2 molecules converted 不知道为啥出来两个。 由于pymol需要用到,顺手装了 conda install -c schrodinger pymol-bundle autodock4还不能在mac上装。 1step File-open mol小分子文件 ...