ETL-CDMBuilder是OHDSI关于ETL工作所做的第二个重要的开源项目,适用于特定环境、特定表/字段结构的数据库,以其为基础,成功ETL了几个非常好用的数据库,包括很多生信人熟知的SEER(美国NIH提供的Surveillance, Epidemiology and End Results癌症数据库)。这些成功案例,在Github上有详细介绍
基于应用探索，我们认为OHDSI CDM在多中心数据整合分析方面具有较大优势，经过OHDSI框架标准化的数据可用于大规模观察性研究，然而，数据质控和数据标准化仍然是大数据分析面临的主要挑战。随着信息化的发展，医疗机构积累了海量的医疗数据，电子病历作为信息技术在医疗领域的典型产物，成为医疗数据的主要来源，具有重要的分析...
CDM是由OMOP项目组开发的一套具有统一标准的数据模型,目前由OHDSI的CDM & THEMIS工作组维护与更新。OMOP CDM定义了一套统一的数据标准,规范观察性数据的格式和内容,支持不同来源(如医院信息系统、电子病历、检验信息系统等)的观察性数据...
这里可以查很多英文版术语集哦,例如大名鼎鼎的SNOMED CT、ICD11等 OHDSI把几个术语集默认为standard,例如:snomed CT、RxNorm 可通过sql找到一个术语的所有层级的父层念概 上图最右侧是ohdsi提供的。 OHDSI是以患者为中心的 源数据存储在CDM里的,不会丢失,支持随时改进和升级。
The objective of the study is to develop and evaluate an informatics platform known as ADEpedia-on-OHDSI, where spontaneous reporting data from FDA's Adverse Event Reporting System (FAERS) is converted into the OHDSI CDM format towards building a next generation pharmacovigilance signal detection ...
内容提示: OHDSI/ OMOPCDM 在药品不良反应监测中的应用宋佳芳 1ꎬ2 ꎬ朱贺 1ꎬ2 ꎬ韩晟 1ꎬ2(1.北京大学药学院药事管理与临床药学系ꎬ北京 100191ꎻ2.北京大学医药管理国际研究中心ꎬ北京 100191)摘 要 目的 分析国外可用于药品不良反应(ADR)主动监测的健康观测数据科学和信息学(OHDSI) / 观察...
从国外OHDSI、OMOP的CDM经验出发,分析OHDSI/OMOP CDM模式,探讨其在ADR主动监测的应用。结果 OHDSI/OMOP CDM应用于观察性研究有值得借鉴的地方,在整合异构数据使之用于科研分析、提高研究质量、保证研究快速有效开展、提供合作式科研新思路等方面有借鉴价值。在ADR监测可实践应用。结论 OHDSI/OMOP CDM对ADR主动监测应用...
ETL-CDMBuilder是一个.NET应用程序的仓库，用于将数据从多个数据库转换为OMOP CDMv4格式。该工具由Janssen Pharmaceutical Research & Development, LLC开发，旨在为Janssen环境中的SQL Server、Amazon Redshift和Amazon S3数据库执行ETL任务。其逻辑基于本地环境中加载的源数据格式。由于工具的构建专为特定...
Why do we need a CDM? Observational databases differ in both purpose and design. Electronic Medical Records (EMR) are aimed at supporting clinical practice at the point of care, whileadministrative(adj.管理的; 行政的)claims data are built for the insurancereimbursement【reimbursement[,re·im'burse...
CommonDataModel::buildRelease(cdmVersions = "5.4", targetDialects = "postgresql", outputfolder = "/pathToOutput") 2. Use theexecuteDdlfunction If you have an empty schema ready to go, the package will connect and instantiate the tables for you. To start, you need to download DatabaseConne...