新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建 一、新基因发掘 基于所选参考基因组序列,使用StringTie软件对Mapped Reads进行拼接,并与原有的基因组注释信息进行比较,寻找原来未被注释的转录区,发掘该物种的新转录本和新基因,从而补充和完善原有的基因组注释信息。
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1. 从Mapped Reads出发，使用StringTie软件进行基因拼接，寻找并注释新转录本和新基因，以扩展原有基因组注释。2. **数据库下载与构建**：- Nr/Nt数据库：按种类拆分构建索引，具体步骤参考其他文章。- GO数据库：访问官网下载，详细说明见Blast2go文章。- KEGG：分为介绍和下载两部分，涉及代谢通路信...
在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。为实现这一点，需要构建和下载各种蛋白数据库，如Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String等。KEGG，...
百度试题 题目目前功能基因注释使用的数据库 A.nt_v20210917B.fungeneC.greengenes135D.unite相关知识点: 试题来源: 解析 B 反馈 收藏
具有完善功能注释的HiChIP数据库对研究致病基因、调控网络等具有重要的作用。例如,在指南(Tutorial)页面,该网站提供了利用HiChIP数据来注释致病基因的样例。在具体的一个HAEC心脏相关的细胞系中,所找到的可能的致病基因NOS1AP, KCNH2均和已有...