函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell, 其源代码在scanpy/preprocessing/_normalization.py 我们通过一个简单例子来了解该函数主要功能: 将一个简单的矩阵数据转为AnnData对象 fromanndataimportAnnDataimportscanpyasscadata = AnnData(np.array([[3,3,3,6,6],[1,1,1,2,2],[1,22,1,2,2],]...
函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell, 其源代码在scanpy/preprocessing/_normalization.py 我们通过一个简单例子来了解该函数主要功能: 将一个简单的矩阵数据转为AnnData对象 fromanndataimportAnnDataimportscanpyassc adata=AnnData(np.array([[3,3,3,6,6],[1,1,1,2,2],[1,22,1,2,2],]))...
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/generated/scanpy.pp.normalize_total.html
fromanndataimportAnnDataimportscanpy as sc adata=ad.AnnData(np.array([ [3, 3, 3, 6, 6], [ 1, 1, 1, 2, 2], [ 1, 22, 1, 2, 2], ])) X_norm= sc.pp.normalize_total(adata, inplace=False)#输出:X_norm {'X': array([[ 3. , 3. , 3. , 6. , 6. ], [3. , ...
scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total(),它官方也是建议用后者(当然前面这个函数仍然存在,且可以正常使用)。二者目的是基本一致的,处理数据的过程也没变,但是存在细微的差别,总体而言就是新的sc.pp.normalize_total()在参数设置方面更加人性化了。如下是旧的sc.pp.normalize_...
函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell, 其源代码在scanpy/preprocessing/_normalization.py 我们通过一个简单例子来了解该函数主要功能: 将一个简单的矩阵数据转为AnnData对象 fromanndataimportAnnDataimportscanpyasscadata = AnnData(np.array([[3,3,3,6,6],[1,1,1,2,2],[1,22,1,2,2],]...