NMF在单细胞转录组中的应用主要集中在基因表达模式(基因表达程序)的提取和细胞类型的识别。单细胞转录组通过测量单个细胞中的基因表达谱,提供了复杂和高维度的数据,而NMF的降维和特征提取能力使其在这一领域得到了广泛应用。将基因×细胞矩阵作为V矩阵进行NMF分解,获得基因×表达程序(W)和表达程序×细胞(H) 两个矩阵。
我们假设所有肿瘤的联合单细胞测序数据包含在一个N×J矩阵Y中,其中元素yij,i = 1,…,N表示细胞,j = 1,…,J表示基因。 在典型应用中,Y包含了使用移位对数变换的唯一分子标识符(UMI)计数(简称为'移位对数计数')。 GBCD是'无监督'的,因为它不使用关于哪个细胞来自哪个肿瘤的信息,这与逐个肿瘤和许多协调方法...
NMF在单细胞转录组中的应用主要集中在基因表达模式(基因表达程序)的提取和细胞类型的识别。单细胞转录组通过测量单个细胞中的基因表达谱,提供了复杂和高维度的数据,而NMF的降维和特征提取能力使其在这一领域得到了广泛应用。将基因×细胞矩阵作为V矩阵进行NMF分解,获得基因×表达程序(W)和表达程序×细胞(H) 两个矩阵。