3.1.3 创建新image 至少需要一些image 数据 和一个image 坐标转换矩阵(affine) import numpy as np data = np.random.randint((32, 32, 15, 100), dtype=np.int16) img = nib.Nifti1Image(data, np.eye(4)) nib.save(img, 'exa.nii') 1. 2. 3. 4. 这里numpy.memmap是内存映像文件。它是一种...
无法在nibabel的NiftiHeader中设置图像体素尺寸。如何为给定的图像设置特定的体素尺寸? 我需要在nibabel中保存一些特定体素尺寸的图像。image = nib.load('some_image')x = nib.Nifti1Image(c, image.affine) nib.save(x, 'something.nii.gz')如何使用一些新的体素尺寸保存成像器 ...
X_brain = img_brain.get_data()# then multiply masksX_prod = X_mask * X_brain# then saving the new mask imagemaskimg = nib.Nifti1Image(X_prod, img_mask.get_affine()) nib.save(maskimg, fIntersect)# if an external mask is not providedelse: com_cp ='cp '+ fT1_bin_r +' '+...
an affine array 定义了图像数据在参考空间的位置 image metadata 存放图像的一些属性信息,采集设备名称,体素的大小,扫描层数等等。 如果你要对 CT图像进行 HU值的处理, 那么就一定要在使用nibabel 库之后立刻就进行操作,不要等使用 opencv 等工具后在进行操作。 使用get_fdata , 就可以转为float 为 dtype 的 nd...
img.to_filename(path_save)或者 nib.save(img,path_save)补充知识：使⽤SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项 SimpleITK Python中SimpleITK被⼴泛⽤于医学图像的处理任务中，功能⾮常强⼤，但是使⽤的时候还需注意，尤其在图像读取时⼀定要注意维度。读取NII格式的图像 #读取并显⽰NII图像⽂件 from ...
all_ims = nb.Nifti1Image(d, all_ims.get_affine()) nb.save(all_ims, self.dwi_base+'.nii.gz') indices = ['1'foriinxrange(len(mux_ims1))] + [str(len(nondwi1)+1)foriinxrange(len(mux_ims2))]withopen(self.index_file,'w')asf: ...
nib.Nifti1Image(data_2,affine).to_filename(save_pth) 2023-4-19增加 sitk自带查看size的函数 GetSize() data = sitk.ReadImage('test_sitk.nii.gz') array_sitk_read = sitk.GetArrayFromImage(data) print(array_sitk_read.shape) print(data.GetSize()) ...
对场景进行高分辨率的高保真渲染是计算机视觉和图形学领域的一个长期目标。实现这一目标的主要范式是精心...
import nibabel as nib import numpy as np arr = np.random.rand(100, 100, 100) img = nib.Nifti1Image(arr, np.eye(4)) nib.save(img, 'example.nii.gz') 复制代码 对NumPy数组进行处理后,将其保存为NIfTI格式的图像文件: import nibabel as nib import numpy as np img = nib.load('example...
Nifti1Image(new_data, img.affine, img.header) nib.save(new_img, 'example_4D.nii.gz') 复制 这个示例代码使用了 NIfTI1 格式的示例文件(文件名为 example.nii.gz),并将原始三维数据中的第一个切片沿时间维度复制了 10 次,得到了一个 4D 数组。最终使用了新的 4D 数组创建了一个新的 NIfTI1 文件...