使用nibabel读取nii文件是一个常见的操作,以下是详细的步骤和示例代码: 导入nibabel库: 首先,需要确保已经安装了nibabel库。如果尚未安装,可以通过以下命令安装: bash pip install nibabel 然后,在Python脚本中导入nibabel库: python import nibabel as nib 使用nibabel的load函数读取nii文件: 使用nibabel的load函数来加...
.hdr 和 .img可以用单文件.nii存储 1.2 坐标 医学影像数据有两种格式,dicom和nii格式,他们定义了不同的方向 2 打开图像 2.1 ITK-SNAP软件 注意:使用这个软件的时候,路径中不能有中文 三视图 3 nibabel (python库) 3.1 基本操作 3.1.1 导入nii import nibabel as nib filename = 'CTC-1835078273_seg.nii' ...
importnibabel as nibimportmatplotlib.pyplot as pltdefread_data(path): image_data=nib.load(path).get_data()returnimage_data#单张显示defshow_img(ori_img): plt.imshow(ori_img[:,:,60], cmap ='gray')plt.show() path='F:/BaiduNetdiskDownload/COVID-19CTSeg/data/volume-0.nii'data=read_data...
python使用 nibabel和 sitk读取保存 nii.gz文件实例 nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, y, x) 读取nii.gz文件 img = nib.load('xxxxx.nii.gz') img_affine = img....
nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, y, x) 读取nii.gz文件 img = nib.load('xxxxx.nii.gz') img_affine = img.affine img = img.get_data() 保存nii.gz文件 nib...
SimpleITK读取数据是(X,Y,Z)显示,Nibabel读取图像是(Z,Y,X)显示,也就是Nibabel加载的图像会旋转90°,其中X表示通道数,即切片层数。详情 importSimpleITK as sitkimportskimage.io as iodefread_img(path): img=sitk.ReadImage(path) data=sitk.GetArrayFromImage(img)returndata#显示一个系列图defshow_img(data...
SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据(2D显示) 2020-03-21 14:54 −... DuanYongchun 0 5882 Numpy 的使用 2019-12-04 20:44 −模块的导入 import numpy as np ---> 约定俗成 起别名 np 使用 生成 ndarray 对象 array:np.array([1,2,3,4,5]) ---> array([1, 2, 3, 4, 5])...
nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, y, x) 读取nii.gz文件 img = nib.load('xxxxx.nii.gz') img_affine = img.affine ...