做热图时，ngs.plot 有不同的基因或区域排序算法，也有层次聚类和k-means两种聚类方法。为例避免高测序深度样本带来的偏差; 在聚类时,将值转化为排名。配置文件 : config.k4k27.inp.txt ChIP-Seq 数据挖掘系列文章目录： ChIP-Seq数据挖掘系列-1:Motif 分析(1)-HOMER 安装 ChIP-Seq数据挖掘...
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力,清楚的说明了,CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。 cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用 echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc echo 'export NGSPLOT=...
ngs.plot has been updated to work with Python 3, as well as the current versions of R and Perl. It has successfully been tested on a Linux system. Further testing on additional operating systems (e.g. MAC) may be needed. Please submit an issue for errors that you may encounter, so ...
Loh YH, Shen L. Analysis and visualization of ChIP-Seq and RNA-Seq sequence alignments using ngs.plot. Methods Mol Biol. 2016;1415:371-83. doi:10.1007/978-1-4939-3572-7_18.Loh Y-HE, Shen L. Analysis and visualization of ChIP-seq and RNA-seq sequence alignments using ngs.plot. ...
Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详...
ngs.plot database now contains an impressive number of 60,520,599 functional elements (Table1). Step two involves plotting something meaningful at this region. Our program utilizes the rich plotting functionality of R [21] and contains 27 visual options for a user to customize a figure for ...
You can also easily find it by searching "ngsplot" for repositories. The Galaxy tool shed allows you to install ngs.plot to your local Galaxy instance with a few clicks. Of course, you can always install it manually using the files provided under the "galaxy" folder....
ngsplot辅助CHIP-seq数据分析-可视化 Posted on2017年1月1日 最近在忙一些chip-seq的数据分析项目,它的可视化展现比较复杂一点,自己写程序将会耗费挺长时间的,就想着利用现成的工具,前面试用了deeptools,挺好 的,但是有点慢,是python程序,如下: deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 ...
刘昱/ngsplotdb 代码Issues0Pull Requests0Wiki统计流水线 服务 Gitee Pages JavaDoc PHPDoc 质量分析 Jenkins for Gitee 腾讯云托管 腾讯云 Serverless 悬镜安全 阿里云 SAE Codeblitz 我知道了,不再自动展开 加入Gitee 与超过 1200万 开发者一起发现、参与优秀开源项目,私有仓库也完全免费 :) ...
ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据:17个物种(21套基因组),涉及功能原件有: Gene,Exon,CGIs,Enhancers,DHS 能够很好展示某类功能原件或者某部分区域的信号富集程度; 运行速度快,内存消耗适中。