ngs.plot.r 可视化ChIP-seq 或 RNA-seq,对全基因组或者感兴趣的基因组功能原件富集信号进行可视化。 Usage:ngs.plot.r -G genome -R region -C [cov|config]file -O name [Options] ##必须参数:-G 基因组 -R 基因组区域tss,tes,genebody,exon,cgi,enhancer,dhs,bed -C Indexed bam 文件 或 配置文件...
conda create -n ngsplot python=2.7 1.2 由于我用的服务器是cluster,所以ngsplot不能直接调用R,不想自己下载R,所以用conda安装ngsplot. conda activate ngsplot conda install r-ngsplot 1.3 安装成功,进行测试。 2.测试 2.1 查看安装成功的基因组
We have open-sourced the pipeline -ngsplotdbfor building genome files. You can now use this pipeline to create your own genome files. We will no longer accept requests for custom genome files. Please make contributions to this pipeline if you want to. That will benefit a great number of ...
ngs.plot: quick mining and visualiza- tion of next-generation sequencing data by integrating genomic databases. BMC Genomics. 2014;15:284. doi: 10.1186/1471-2164-15-284.Shen L, Shao N, Liu X, Nestler E. Ngsplot: quick mining and visualization of next-generation sequencing...
ngs.plot database now contains an impressive number of 60,520,599 functional elements (Table1). Step two involves plotting something meaningful at this region. Our program utilizes the rich plotting functionality of R [21] and contains 27 visual options for a user to customize a figure for ...
Quick mining and visualization of NGS data by integrating genomic databases - ngsplot/Makefile at develop · shenlab-sinai/ngsplot
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力,清楚的说明了,CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。 cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用 echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc ...
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力,清楚的说明了,CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。 cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用 echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc ...
Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详...
免费加入 已有帐号?立即登录 该仓库未声明开源许可证文件(LICENSE),使用请关注具体项目描述及其代码上游依赖。 master ngsplotdb / genePredToGtf genePredToGtf8.17 MB 原始数据历史 Ning-Yi SHAO提交于11年前.1. Initiation of repo. 下载(8.17 MB)