测序量的增加,一定程度上可以提高去重后的测序深度。因为测序深度指的是测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比例,增加测序量就意味着获得了更多的碱基数据,从而有可能提高测序深度。但是,这并不意味着测序深度会无限增加,测序深度还受到其他多种因素的影响,比如测序质量、数据分析方法等。所以说,增加测序量是提高测序...
NGS数据分析时是否需要去重 ngs测序数据分析 NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [2] - MultiQC 2. MultiQC 2.1 帮助信息及运行代码 2.2 报告解读 2.3 小结 文接上篇:NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 2. MultiQC NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生...
FFPE、穿刺、血浆和手术4种样本类型测序得到的NGS数据通过“不去重”方法分析时,Mapped Reads、On Target和Mean Depth 3个指标在4种类型样本间(FFPE、穿刺、血浆和手术)差异均无统计学意义,在Uniformity指标上血浆样本与其他3种类型(FFPE样本、穿刺样本、手术样本)比较差异均有统计学意义(P=0.001, P=0.001, P=0.00...
摘要 目的探讨"不去重"和"去重"两种方法分析后各NGS相关指标间的差异,研究"去重"在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用.方法通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测,每例NGS检测数据分别进行"... 关键词NGS / / ...
为什么需要去重? 理想情况下,不管P不PCR,这些片段被捕获的概率相同,但是PCR存在着偏好性,即不同的DNA分子被扩增的次数不尽相同,片段长度、GC含量都会有影响。 因此,对于随机打断的建库方式来说(比如WGBS、ATAC-seq、ChIP-seq),如果后续比对后发现reads的起始、终止及之间的序列完全相同,则为PCR产生的duplicate,如果...
NGS数据reads去重的一般总结: RNA-seq 一般不去重 ChIP-seq 一般要去重 Call SNP 一般要去重 RRBS 一般不去重 Targeted-seq (Amplicon seqencing) 一般不去重 WGBS 一般要去重 ATAC-seq 一般要去重 PCR去重首选 picard 软件 原则: 如果是人为PCR造成的duplicate是要去除冗余的,如果是酶切造成的duplicated是不需要...