Nextclade是 Nextstrain 项目中的一部分,用于处理基因组序列的具体分析。 开发支持 Nextclade 和 Nextstrain 的开发得到了多个机构的支持,包括: 比尔及梅琳达·盖茨基金会(Bill & Melinda Gates Foundation) 美国国家卫生研究院(NIH) 欧洲研究理事会(ERC) 支持的病毒 (1)SARS-CoV-2 (2)流感病毒 甲型流感病毒(Influen...
步骤2:拉取Nextclade镜像 docker pull nextstrain/nextclade:latest 步骤3:准备输入文件和目录 mkdir -p ./nextclade/input ./nextclade/output ./nextclade/dataset 步骤4:下载数据集(示例使用SARS-CoV-2) 注:SARS-CoV-2为新冠的数据集,可下载不同数据集进行不同病毒的分析 docker run --rm -it \ -v $(pwd...
最近你可能会看到很多关于XBB的信息,我们正在将其添加到nextstrain、Nextclade,以及网页链接(作为22F)。 可能还听说它是一个 "重组体"--但这是什么意思?让我们来看看。 我们听到重组人的消息已经有一段时间了(还记得 "Deltacron "吗?)它们听起来可能比实际情况更可怕! 这个过程本身可能很常见,但我们只有在某人感染...
Viral genome alignment, mutation calling, clade assignment, quality checks and phylogenetic placement - Issues · nextstrain/nextclade
Nextclade user documentation - for detailed instructions on how to use Nextclade Web and Nextclade CLI Nextclade source code repository - for contributors to Nextclade software (code, bug reports, feature requests etc.) Nextstrain discussion forum - for general discussion and questionsAbout...
Nextclade 和 Nextstrain 的开发得到了多个机构的支持,包括: 比尔及梅琳达·盖茨基金会(Bill & Melinda Gates Foundation) 美国国家卫生研究院(NIH) 欧洲研究理事会(ERC) 支持的病毒 (1)SARS-CoV-2 (2)流感病毒 甲型流感病毒(Influenza A)包括 H1N1、H3N2 等亚型。
but also as self-contained full Nextclade datasets. Nextclade will take pathogen info, genome annotation, reference sequence, and, of course, reference tree from Auspice JSON. No other files are needed. This allows to use almost any Auspice dataset (e.g. fromnextstrain.org) as Nextclade dataset...
Reseting focus nextstrain/nextcladePublic Notifications Fork61 Star219 Code Issues110 Pull requests19 Discussions Actions Security Insights Compare nextstrain-botreleased this05 Jun 23:09 3.7.1 d7c4863 Nextclade 3.7.1 Warn if reference sequence does not match root sequence of the tree ...
📚 Documentation: docs.nextstrain.org/projects/nextclade 🌍 Nextclade Web: clades.nextstrain.org 🖥️ Nextclade CLI: 📥 Standalone native executables can be downloaded using the links in the "Assets" section just below. Mind the different operating systems and computer architectures. 🐋 Dock...
This definitively resolves crash due to missing JavaScript polyfills, which occurred in Nextclade Web 3.7.2Installation and usage 📚 Documentation: docs.nextstrain.org/projects/nextclade 🌍 Nextclade Web: clades.nextstrain.org 🖥️ Nextclade CLI: 📥 Standalone native executables can be downloaded...