Needleman-Wunsch（NW）算法是一种用于生物信息学中的序列比对算法，特别是用于蛋白质和核酸序列的全局比对。这个算法由Saul B. Needleman和Christian D. Wunsch在1970年提出，其目的是找到两个序列之间最长的公共子序列，即使在序列的两端也可以存在不匹配的情况。一、算法原理 Needleman-Wunsch算法基于动态规划原理，构建...
【序列比对】Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法py实现(多条回溯路径,超详细注释) 话不多说,直接上结果图,多条回溯路径。 多条回溯路径 原理 构建得分矩阵伪代码 回溯伪代码 代码详解(以NW为例) 导入包以及参数设置 importnumpyasnpsequence_1="AACGTACTCAAGTCT"sequence_2="TCGTACTCTAACGAT"match=9mismatch=-...
Needleman-Wunsch (NW) 算法常用于基因序列匹配以及单词匹配,是一种实现全局最优匹配的动态规划算法。其最差情况下的时间复杂度是, 空间复杂度是,其中和是两个序列的长度。 不妨设有两个序列: GCATGCU GATTACA NW算法的具体步骤如下: 构造一个如下形式的表格。 设计得分矩阵。例如:第行第列字母匹配+1,不匹配-1...
1. SW 算法简介 Smith-Waterman 算法是由 Temple F. Smith 和 Michael S. Waterman 两人在 1981 年提出来的,是 Needleman-Wunsch 算法的改良版,通过算法的比对,能获 取到局部最优解。SW 算法罚分规则如下: SW 算法罚分规则如公式 以罚分规则为基础,得分矩阵的公式如下,可以看到,和上篇介绍的NW算法相比,最...
用Python实现全局比对中的Needleman Wunsch方法 基于知乎用户@我不是大熊的代码进行了类的封装。增加了不同的罚分选项,提高易用性。 Python没有原生的Matrix,因此需要内置的嵌套结构来完成,比较麻烦。 代码如下: https://github.com/BatheFu/bio_learn 参考链接:...