那在我们的scRNA_scripts文件夹中有个qc.R的质控脚本文件,就是对读取进来的数据进行质控的。 脚本函数首先是计算了线粒体、核糖体以及血红细胞的比例(下期给大家详细介绍),然后就可视化了细胞中这些参数的情况。我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <...
上次给大家简单整理了一下细胞鉴定曲线图理解,里面使用nCount_RNA或者nFeature_RNA在R语言里面绘制细胞鉴定曲线,找到一个合适的cutoff值,进行了一个初步的质控。 结尾也提到了,很少会有下游是原始的rawcounts的数据,一般我们都是使用cellranger质控后的数据进行分析。不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_...
那在我们的scRNA_scripts文件夹中有个qc.R的质控脚本文件,就是对读取进来的数据进行质控的。 脚本函数首先是计算了线粒体、核糖体以及血红细胞的比例(下期给大家详细介绍),然后就可视化了细胞中这些参数的情况。我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <...