NCBI的Protein数据库是一个专注于蛋白质序列和功能的数据库,它收集了包括GenBank、RefSeq、TPA和PDB等来源的蛋白质序列数据,提供了多种搜索和分析工具。Protein数据库的特点是为蛋白质序列提供详尽的注释信息,包括但不限于功能描述、结构信息、相似序列、文献引用等。 Protein数据库也与BLAST工具紧密结合,允许对蛋白质序...
目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型,和文本检索的矢量模型。另外,NCBI研究者还坚持...
Conserved Domain DatabaseCDD保守结构域数据库是关于蛋白质功能单元注释的资源。它的域模型收藏包括一套来自NCBI,利用三维结构洞察序列/结构/功能的关系。 Protein Protein 一个综合来自其他资源中的蛋白序列集合,包括GenBank,RefSeq,TPA,SwissProt,PIR,PDB中的序列 蛋白质聚类数据库 Protein Clusters Protein Clusters(蛋...
蛋白质序列集合(Protein):该数据库是来自多个来源的序列集合,包括美国国立卫生研究所遗传序列数据库(GenBank(NIH genetic sequence database)),国家生物信息中心参考序列数据库(RefSeq(NCBI Reference Sequence Database)),第三方标注序列数据库(TPA(Third Party Annotation Sequence))中注释的编码区(coding regions)的翻...
3. 按照基因重要性排序,即按照该基因在PubMed、Homologene、Protein Clusters、OnlineMendelian Inheritance in Man(OMIM)或Bookshelf 中文献数量的多少进行排序。 2 .ENTREZ搜索系统 2.1 Entrez Entrez数据库是一个整合了多个数据库的综合检索系统,它包含了35个不同数据库的信息,共收录有超过350,000,000条记录(表1...
Use Standalone RPS-BLAST and rpsbproc(https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/rpsbproc/e) (这个网址好像失效了)to compute and retrieve(检索) domain annotation programmatically. Basic Protocol3demonstrates how to identify protein domains for a batch of protein queries of greater than 4000.演示了...
作为国家资源的一部分,NCBI的主要任务是开发新的信息技术,帮助理解控制健康和疾病的基本分子和遗传过程,包括:建立自动化系统用于储存和分析分子生物学、生物化学和遗传学方面的知识;为研究人员和医学团体使用这些数据库和软件提供便利;在国际范围内收集先进的生物技术信息,为分析生物重要分子的结构和功能提供先进的基于计算...
蛋白质类Proteins保守结构域Conserved DomainsConserved Domain DatabaseCDD保守结构域数据库是关于蛋白质功能单元注释的资源。它的域模型收藏包括一套来自NCBI,利用三维结构洞察序列/结构/功能的关系。ProteinProtein一个综合来自其他资源中的蛋白序列集合,包括GenBank,RefSeq,TPA,SwissProt,PIR,PDB中的序列蛋白质聚类数据库...
下面进行第二个,蛋白质登记号(protein accession number),形如NP_005537。文中提到,你尽可能的在基因数据库中(Gene database)找这个蛋白质登记号,就是这篇文章重点讨论的主要内容的库,而不是在蛋白质数据库(Protein database)中找。如果在基因数据库中找不到结果,那就只能在蛋白质数据库中找了,找到之后,要...