自2024年8月起,NCBI将推出新的BLAST核心核苷酸数据库(core_nt),作为blast默认数据库。 原有的NCBI blast默认库是赫赫有名的NT库。NCBI的nt库(nucleotide database)是一个包含大量核苷酸序列的数据库,广泛用于生物信息学和基因组研究。nt库包含来自各种生物体的核酸序列,包括真核生物、原核生物和病毒的基因组、转录...
NR/NT 数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号。NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(...
Database描述:该数据库以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的参考和代表性基因组,其结果是该数据库中的基因组是NCBI提供的质量最好的基因组序列信息。 5、 Genomes for selected organisms (primary reference assembly only) Database描述:包含了来自主要染色体装配的完整或接近完整的基因组序列,...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库，是NR 库的⼦集。NR和NT库都可以通过NCBI（National Center for Biotechnology Information,美国国⽴⽣物技术信息中⼼）进⾏在线BLAST,也可以在 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来，需要注意的是，NR和NT库是被切分为以数字命名的...
通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: perl update_blastdb.pl --showall ...
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刚才下载的nr库就是蛋白库,blastx就是用来将核酸序列比对到蛋白库上的。(nt就是核酸库) 因为我们下载的是已经建好索引的数据库,所以省去了makeblastdb的过程。 常见的命令有下面几个: -query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 ...
NR/NT 数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号。NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋...
自2024年8月起,core_nt将成为默认选项 如果您对更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索结果感兴趣,正如先前公告的那样,NCBI一直在重新评估BLAST核苷酸数据库(nt),以使其更加紧凑和高效。感谢您的反馈,NCBI的BLAST团队很高兴推出核心核苷酸数据库(core_nt),它是默认nt数据库的替代方案,包含更明确的内容,且数据库大小...