对于Standard database的介绍就到这里,NCBI中还有一类特殊比对工具,这里主要介绍Primer-BLAST比对工具中的各Database的区别。 1、 nr(Nucleotide collection) Database描述:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。 2、Refseq mRNA Datab...
NCBI的nr数据库是指"非冗余蛋白质数据库"(Non-redundant protein database),它是国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护的一个重要的生物信息资源。nr数据库是一个包含了已知蛋白质序列的集合,这些蛋白质来自各种不同的物种,包括动物、植物、微生物等。 2. nr数据库的作用是什...
nr：与Nucleotide BLAST中的nr/nt数据库相同，适用于不确定序列信息的情况。Refseq mRNA：仅包含编码蛋白质的mRNA，适用于特定蛋白质编码序列的比对。Refseq RNA：包含编码蛋白质的mRNA和非编码RNA，适用于更广泛的RNA序列比对。Refseq representative genomes：与RefSeq Representative Genome Database相同，适用...
“Database”可以选择引物特异性检测的数据库。一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库，可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。①Refseq mRNA：包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况；②Refseq representative genomes：以最小冗余度建立，包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的...
3️⃣ 在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区域,选择“Database”为“nr”数据库,而不是“Refseq mRNA”数据库,因为在实际实验中,我们通常提取total RNA,这可能包含长链非编码RNA,它们在qPCR中不应被扩增。4️⃣ 在“Organism”框中输入你的基因物种名,或者点击“Add Organism”来增加多个物种...
⑥Refseq RNA(refseq_rna):包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA和非编码RNA,包括NCBI Refseq 数据库中的NM_,NR_,XM_,XR_序列。适用于序列类型为mRNA、lncRNA等的情况; ⑦Custom:使用自己的序列,包括核苷酸序列、基因组组装加入(如GCF_000001635.27)或FASTA序列作为搜索数据库。最多允许加入20个组件,且FAS...
首先，我们来了解一下Nucleotide BLAST。Nucleotide BLAST是一款用于核苷酸与核苷酸比对的工具。在进行比对时，您需要从“Standard database”中选择一个具体数据库进行操作。各个数据库包含的序列信息有所不同，因此选择合适的数据库至关重要。1. Nucleotide collection（nr/nt）：包含GenBank、EMBL、DDBJ、PDB...
NR/NT 数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号。NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋...
NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋白数据联系起来。NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接...
“Database”可以选择引物特异性检测的数据库。一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库,可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。 ①Refseq mRNA:包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况; ②Refseq representative genomes:以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的...