GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。 它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。
NCBI的重要性我就不多说了,Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,lncRNA,miRNA,CNV芯片等各种芯片,甚至高通量测序数据!所有的数据均可以在ftp站点下载:ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/geo/ 首先,我们在GEO的主...
NCBI数据库包罗万象,恰恰就包括海量的病例数据和基因组数据(如TCGA /GEO),完全符合限制条件。 “癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因...
NCBI数据库包罗万象,恰恰就包括海量的病例数据和基因组数据(如TCGA /GEO),完全符合限制条件。 “癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因...
GEO中的数据类型包括：GPL（Platf orm）是特定的芯片或测序平台类型；GSM（Sample）参与基因表达测序的样本或个体信息；GSE（Series）是一组相关样本实验测定的基因表达数据谱；GDS（Datasets）是由GEO数据库维护团队综合多组实验产生的整合的表达数据集，并含有预处理得到的聚类、差异表达等数据分析信息。NCBI下拉菜单提供...
Gene Expression Omnibus (GEO) Database 公共功能基因组数据库,支持符合MIAME标准的数据提交。接受基于芯片和测序数据,并提供工具以帮助用户查询和下载实验数据并研究基因表达谱。 Gene Expression Omnibus (GEO) Datasets 存储从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库组装的基因表达和分子丰度数据集。数据集每个记录包含其他...
1.1 NCBI GEO 基因表达数据库(GEO,Gene Expression Omnibus database,/geo/ )是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,lncRNA,miRNA,CNV芯片等各种芯片,甚至高通量测序数据,是目前最大、最全面的公共基因表达数据资源。所有的数据均可以在ftp站点下载:ftp:...
Protein Data Bank(PDB):这是一个蛋白质三维结构数据库,存储了大量的蛋白质结构信息。研究人员可以通过PDB获取蛋白质结构数据,了解蛋白质的结构与功能之间的关系。 Gene Expression Omnibus(GEO):这是一个基因表达数据库,它存储了大量的转录组和表达谱数据。研究人员可以利用GEO数据库去寻找与特定生物过程或疾病有关的...
NCBI数据库包罗万象,恰恰就包括海量的病例数据和基因组数据(如TCGA /GEO),完全符合限制条件。 “癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因数据库之一。 GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术...
NCBI SRA数据库包括以下数据库:SRA(Sequence Read Archive)、GEO(Gene Expression Omnibus)、dbGaP(Database of Genotypes and Phenotypes)、BioProject、BioSample。SRA是主要存储高通量测序数据的数据库,其中包含来自各种测序平台的原始序列数据,可以进行大规模的生物学研究。GEO主要用于存储基因表达和基因谱数据,可以帮助...