下面我们以“肥胖”(obesity)为例,进行GEO数据库的学习。 首先,进入NCBI的官网(百度输入”NCBI”即可),在检索框中输入”obesity”,选择GEO DataSets,进行检索,共检索到11295条记录(如图1所示),在检索结果显示后,勾选右侧的物种信息(本例中我们选择”Homo sapiens”)(如图2所示),得到6110条记录。 图1 进入GEO D...
在使用ncbi geo数据库之前，需要注册一个账户。注册账户的过程相对简单，只需访问ncbi官网，选择geo数据库，然后按照指示完成注册即可。注册完成后，可以使用用户名和密码登录数据库。登录后，可以通过多种方式搜索和获取数据。首先，可以通过关键词搜索来查找相关实验数据。其次，可以使用高级搜索功能，通过设定...
经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载:一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换...
访问GEO数据库官网:首先,用户需要访问GEO数据库的官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),这是一个公开的资源,任何人都可以免费访问。 输入检索关键词:在GEO数据库的搜索框中输入关键词,如基因名称、物种名称、实验类型等。关键词的选择非常重要,直接影响到检索结果的准确性。 浏览检索结果:GEO数据库会返回符...
运营商：电信 文件链接：ncbi-geo/series/GSE150nnn/GSE150044/soft/GSE150044_family.soft.gz 文件大小...
4、进入Submission Categeory界面,提交类别选择Original,点击Continue进入下一步; 5、进入Source Modifiers界面,选择样本类型:线粒体、叶绿体或其他类型;另外需要选填物种的来源,保存单位(xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存)和样本收集时间等信息,填写结束后点击Continue进入下一步; ...
4.1 新建GEO提交 我们点击New Submission新建一个提交 我们选择high-throughout sequencing来完成scRNA-seq...
[geo_loc_name]:missing [age]:missing ## librarySelection platform 数据下载,可以使用迅雷下载,或在服务器中下载。 在迅雷中下载,提供每个样本的任意一个网址即可(2选一) 打开迅雷,设置你的下载位置和相关程序 设置下载线程数量 设置下载缓存,缓存越大,下载速度越快 ...
NCBI的GEO数据库是科研人员的宝库，尤其对于缺乏资金的项目，它允许用户利用他人的测序结果进行筛选。以肥胖研究为例，进入NCBI官网，通过GEO DataSets检索相关课题，如肥胖的基因差异研究，可以找到大量实验数据。这些数据包含了实验设计、样本分组、分析结果等，包括原始数据供深入分析，或者通过GEO2R等工具直接...
4、进入Submission Categeory界面,提交类别选择Original,点击Continue进入下一步; 5、进入Source Modifiers界面,选择样本类型:线粒体、叶绿体或其他类型;另外需要选填物种的来源,保存单位(xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存)和样本收集时间等信息,填写结束后点击Continue进入下一步; 6、进入Feature界面...