基因组与表达数据（替代GEO、RefSeq）Genome Warehouse（GWH）：该平台收录了国内外众多物种的完整基因组组装信息，对于开展物种基因组比较分析、进化研究等具有重要价值，访问地址为https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh。GEN（Gene Expression Nebulas）：这是一个涵盖多种物种表达谱的数据库，适用于开展常规的差异分析、表达...
ncbi官网入口网址,PubMed,Gen,BLAST,geo数据库,生物信息学资源中心 ncbi简介 NCBI代表美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),是美国国立卫生研究院(NIH)下属的一个部门。NCBI是一个重要的生物信息学资源中心,旨在收集、存储和分发生物学和生物医学领域的大量数据和信息。
3、进入Organism界面,填写上传物种的拉丁名后,点击Continue进入下一步; 4、进入Submission Categeory界面,提交类别选择Original,点击Continue进入下一步; 5、进入Source Modifiers界面,选择样本类型:线粒体、叶绿体或其他类型;另外需要选填物种的来源,保存单位(xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存)和样本...
若您已拥有NCBI账号，可遵循以下步骤，轻松将其与第三方账户关联。首先，使用您的用户名和密码直接登录NCBI。接着，点击浏览器页面右上角显示的【用户名】。在随后出现的“Linked Account”部分中，点击“Change”。利用搜索栏，找到您希望关联的第三方账户。系统将引导您转入该第三方账户的登录页面，请在此输入您的...
[geo_loc_name]:missing [age]:missing ## librarySelection platform 数据下载,可以使用迅雷下载,或在服务器中下载。 在迅雷中下载,提供每个样本的任意一个网址即可(2选一) 打开迅雷,设置你的下载位置和相关程序 设置下载线程数量 设置下载缓存,缓存越大,下载速度越快 ...
GEO-Profiles 官网:/geoprofiles/ 收录单个基因的表达谱数据。可以通过基因名字,GenBank编号,SAGE标签,GEO编号等来进行搜索 BLAST GEO Blast界面容许用户根据核酸序列的相似性来搜索相关的GEO-Profiles 所有的BLAST结果中“E”的标签代表这个数据跟GEO-Profiles表达数据相关。
基因组与表达数据(替代GEO、RefSeq) Genome Warehouse(GWH):该平台收录了国内外众多物种的完整基因组组装信息,对于开展物种基因组比较分析、进化研究等具有重要价值,访问地址为https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh。 GEN(Gene Expression Nebulas):这是一个涵盖多种物种表达谱的数据库,适用于开展常规的差异分析、表达图谱构...
4.1 新建GEO提交 我们点击New Submission新建一个提交 我们选择high-throughout sequencing来完成scRNA-seq数据的上传,点开后发现,我们需要先下载一个meta文件进行信息的填写。 我们选择第二个,因为我们已经把测序文件上传到了SRA数据库,这样可以避免重复上传原始数据。
访问GEO数据库官网:首先,用户需要访问GEO数据库的官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),这是一个公开的资源,任何人都可以免费访问。 输入检索关键词:在GEO数据库的搜索框中输入关键词,如基因名称、物种名称、实验类型等。关键词的选择非常重要,直接影响到检索结果的准确性。
首先,进入NCBI的官网(百度输入”NCBI”即可),在检索框中输入”obesity”,选择GEO DataSets,进行检索,共检索到11295条记录(如图1所示),在检索结果显示后,勾选右侧的物种信息(本例中我们选择”Homo sapiens”)(如图2所示),得到6110条记录。 图1 进入GEO DataSets 图2 勾选物种信息 对每条信息进行简单的浏览后(了...