(1)首先查看文件,fasta格式:Fasta 格式详解。 感觉和fast格式的头部信息长得不太一样,好像是有的软件是把一整行当做名称的,那无所谓了原文中使用python对下载好的序列进行了一些初步的使用,例如:获取反向序列、翻译成RNA 再翻译成蛋白质等,这里就不进行处理了,感兴趣可以参照原文:生物信息中的Python 01 | 从零...
如何从NCBI导出GBFF和FASTA格式序列,NCBI是生物信息常用的网站之一,下面就以大肠杆菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因为例,简单介绍一下如何从NCBI导出GBFF和FASTA格式序列。
1 首先，直接百度打开NCBI的网页，找到目标。下面以蛋白质的序列作为例子。蛋白质protein 2 进入之后，可以看到很多条信息。3 找到名称为Datebase的链接，点进去。意思就是数据库。4 将页面拖到下方，看到URL的链接点击进去。5 然后就可以看到很多条信息，上方我们可以设置每页显示的数量。6 点进去之后，找到fasta。...
4) 是否提交完整的细胞器基因组序列:因为我们提交的是叶绿体,所以这里选择“Yes” 5) 上传序列文件:fasta文件(上一步选择“Yes”,如果选择“No”则无需上传)。需要在fasta 文件中的第一行加上拉丁文的物种名,格式如下:Seq1 [organism=genus species] (注意名称后面有一个空格) 填写完毕,继续进行下一步,点击...
点击相应序列打开详序列的细信息,默认为GBFF(GenBank Flat Fi输角油le)格式文件。主要包括以下三部分组成:第一部分:描述符,其中包含了关于整个记录的信息;第二部分:特征表,包含了注释这一记录的特性;第三部分:核酸脸代师厚易切整频能识序列本身;在最后一行以“// ”结尾在这里也可以选择FASTA格式。
程序将FASTA格式的序列转换为famap数据库文件。 常用参数: -t <string> 设置碱基类型。可以设置4种值:n,允许含有小写碱基atcgn,其它字符转换为n或N;nx,允许含有小写碱基和兼并碱基字符,其它字符转换为n或N;N,仅允许大写碱基,atcgn自动转换为大写,其它字符转换为N;NX,允许大写碱基和兼并碱基字符,其它字符转换为...
先选择是核酸序列还是蛋白的 再将序列号输入，再用fasta格式打开就好了。
以下是某个区间的比对序列 cgv-aln-fasta.png 可以看到黑猩猩chr1:15003613与人chr1:14908379位置发生错配,对应碱基分别为G和A。 以上是Comparative Genome Viewer中涉及的基本信息,以后使用过程中有什么有趣的结果再分享给大家。 参考文章 [1]https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2023/05/04/remap-tool-to...
这个学期一直在看和叶绿体基因组相关的文章,目前学习到向NCBI提交完整的叶绿体基因组序列,需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到...
这个学期一直在看和叶绿体基因组相关的文章,目前学习到向NCBI提交完整的叶绿体基因组序列,需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到...