GenBank收录的核酸序列数据根据其不同的研究属性，分属于Nucleotide、GSS和EST三个子库（可从NCBI主页下拉菜单中登录和查询）。Nucleotide收录绝大多数常规的核酸序列；GSS（Genon ne Survey Sequence）收录测序起始阶段用来进行序列或基因示踪、重复序列或基因数量预判等的各种短读长（（reads）序列：EST（Expressed ...
参见下面Genome和Maps部分,包括各种物种资源,人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒。 UniGene — 被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository...
对于Standard database的介绍就到这里,NCBI中还有一类特殊比对工具,这里主要介绍Primer-BLAST比对工具中的各Database的区别。 1、 nr(Nucleotide collection) Database描述:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。 2、Refseq mRNA Datab...
进入NCBI的blast页面，在Basic BLAST下选择nucleotide blast，把你的序列复制进去，Database选expressed sequence tags（est），然后blast就可以了！http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome ...
⑤nt：包含了除EST，STS，GSS，WGS，TSA，patent，HTGS以及长度超过100 Mb序列以外的包含在GenBank，EMBL，DDBJ，PDB，RefSeq中的所有序列。适用于序列的物种、来源和类型未知的情况；⑥Refseq RNA(refseq_rna)：包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA和非编码RNA，包括NCBI Refseq 数据库中的NM_，NR_，XM_...
对这些记录中编码序列概念上的翻译信息都收录在了Entrez蛋白质数据库中。EST数据库收录了GenBank EST中的所有数据和没有生物学注释信息的“单分子识别首次通过(first-pass single-read)”的cDNA序列。同样,GenBank中的GSS数据库也收录了没有生物学注释信息的单分子识别首...
⑤nt:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100 Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。适用于序列的物种、来源和类型未知的情况; ⑥Refseq RNA(refseq_rna):包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA和非编码RNA,包括NCBI Refseq 数据库中的NM_,NR_,XM_,XR_序列。
NCBI指定物种的EST序列和mRNA序列的获得方法现有某客户项目，因为合作伙伴和华大关系密切，需要我们代为下载NCBI上的所有物种goat 的mRNA和EST序列以便完成项目。需要下载的序列有：一，羊的EST序列 下载方法A：登陆NCBI:在EST库中搜索关键词“goat[organism]”，可以找到13703条EST序列；选取保存为文件方式，
mer-BLAST比对工具中的各Database的区别。nr(Nucleotidecollection)Database描述:包 含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL ,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。2、RefseqmRNADatabase描述:只包含了NCBIRefseq数据 ...
EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 基因 Gene Gene数据库为用户提供基因序列注释和检索服务,还会链接到NCBI的Map Viewer、Evidence Viewer、Model Maker、BLAST Link (Blink)、protein domains from the Conserved Domain Database(CDD)等数据库资源以及其它...