1. 数据库资源(全球最全生物医学数据库) PubMed :收录超过3500万篇 生物医学文献摘要(含PubMed Central全文库)。 GenBank :全球最大的公共DNA序列数据库 ,存储数百万物种的基因数据。 dbSNP :人类和其他生物的单核苷酸多态性(SNP)数据库 。 ClinVar :记录基因变异与疾病关联...
CCDS数据库计划(www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/)就是由NCBI、欧洲生物信息学研究院(European Bioinformatics Institute)、韦尔科姆基金会桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)和加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)共同合作建立的标准的有关人类和小鼠基因蛋白质编码区的数据库...
BioGRID是一个收集了蛋白质、化学物质(包括已知药物)和遗传相互作用数据库;GTR是美国国立卫生研究院基因检测登记中心,提供遗传疾病检测的详细信息;PheGenl为表型-基因型整合期,整合了全基因组关联研究(GWASs)的相关信息,主要用于研究遗传变异与人类疾病之间的关系。 Variation:一般包含dbSNP、dbVar、ClinVar三个数据库的...
用户可以通过Entrez核酸和蛋白质数据库搜索到RefSeq序列,也可以通过NCBI FTP站点进入RefSeq数据库。 5.1.5 GenBank和其它数据库来源的序列 用户可以通过三个Entrez数据库——Nucleotide、EST和Genome Survey Sequence(GSS)(这三个数据库在E-Utilities中分别称作nuccore、nucest和nucgss)搜索到GenBank中的序列。Entrez Nuc...
4.遗传多态数据库NCBI中的dbSNP、dbVar、dbGaP和ClinVar四个子库涉及DNA多态或变异信息。其中，dbSNP收录了所有物种中发现的短序列多态和突变信息，包括单核苷酸多态（single nucleotide polymorphysm，SNP）、微卫星（microsatelite）、小片段插入/删除多态（in/del）等定位、侧翼序列和功能、频率信息，收录的SNP条目一般...
dbSNP数据库(单核苷酸多态性数据库)收录的是单核苷酸多态性信息,例如单个碱基的替换、缺失或插入信息。共收录有将近1800万条人类SNP信息和3300万条其它各物种的SNP信息。dbSNP数据库还收录确认信息、种群特异性等位基因频率信息(population-specific allele frequencies)和个体基因型信息。所有这些信息都可以在dbSNP数据库的...
Variation:一般包含dbSNP、dbVar、ClinVar三个数据库的信息。dbSNP可查看长度小于50bp的基因突变;dbSNP可查看长度较长的基因突变以及复杂重排;ClinVar提供医学相关的基因突变(仅适用于人类), HIV-1 interactions:包含Replication interactions和Protein interactions两个版块。Replication interactions提供HIV-1感染和复制所必需的...
Database of Short Genetic Variations (dbSNP) 数据库包含单核苷酸突变、微卫星和小规模插入和缺失信息。 GenBank NIH基因序列数据库,是所有公开可用DNA序列的注释集合。NCBI的GenBank数据库和日本DNA数据库(DDBJ),欧洲分子生物学实验室(EMBL)每天交换数据,保证数据实时跟新。 GenBank由几个部分组成,大部分序列可以通...
Variation:一般包含dbSNP、dbVar、ClinVar三个数据库的信息。dbSNP可查看长度小于50bp的基因突变;dbSNP可查看长度较长的基因突变以及复杂重排;ClinVar提供医学相关的基因突变(仅适用于人类), HIV-1 interactions:包含Replication interactions和Protein interactions两个版块。Replication interactions提供HIV-1感染和复制所必需的...
E-utilities作为这些数据库的主要编程接口。 在过去一年中进行了重大更新的资源包括PubMed、PMC、Bookshelf、SciENcv、美国国立卫生研究院比较基因组资源(CGR)、NCBI病毒、SRA、RefSeq、外来污染筛选工具、分类学、iCn3D、ClinVar、GTR、MedGen、dbSNP、ALFA、ClinicalTrials.gov、病原体检测、抗微生物耐药性资源以及PubCh...