表达序列标签数据库(dbEST)是GenBank数据库的子库,它收录了一系列物种中的单次测序的cDNA序列数据和相关信息。一个EST是一个cDNA克隆的一部分DNA序列。所有cDNA克隆以及由此而来的所有EST数据都来源于特定RNA源,如人脑或大鼠的肝脏。RNA被转换成更稳定的cDNA分子,许多cDNA分子组成一个cDNA文库。目前GenBank把EST分为...
dbSTS是NCBI一种新的数据库,主要收录基因标志序列或序列标志位点和图谱数据。虽然dbSTS序列将并入GenBank,但是dbSTS中的注释更具综合性,包括有关实验者、实验条件和基因图谱定位等更为详细的信息。 dbSTS检索方法和步骤与dbEST相同。 五、文本检索(Text Searching) NCBI提供文本检索服务。可通过两种形式进行检索,一种...
4、Database of Genomic Structural Variations (dbVar):genomic structural variation data, such as large insertions, deletions, translocations etc. 5、Database of Expressed Sequence Tags (dbEST) 6、Transcriptome Shotgun Assembly Sequence Database (TSA):transcriptome assemblies 7、Whole Genome Shotgun Submi...
3、dbEST:表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 4、dbGSS:基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。 5、dbSTS:序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生...
dbEST —表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 dbGSS —基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。 dbSTS —序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图...
dbEST — 表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 dbGSS —基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。 dbSTS —序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图...
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2、 RefSeq : NCBI数据库的参考序列。校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。 3、 dbEST :表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实...
4、GSS,和STS序列可以从两种方法获得:GenBank (通过Entrez )的EST/GSS/STS部分,和分开的但相关的数据库 dbEST/dbGSS/dbSTS 。两种来源的序列和 accession number 是一致的,但是纪录的格式不一 样,dbEST/dbGSS/dbSTS 纪录包括了一些基于BLAST搜索结果增加的注解, 包括上至15最佳匹配的核酸和蛋白。dbEST, dbSTS...
3、 dbEST :表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 4、 dbGSS :基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。 5、 dbSTS :序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列...