01、下载蛋白序列,输入数据进行Blast 从NCBI下载ALK的完整蛋白序列,并在Align two(or more) sequences using BLAST (bl2seq)界面按照如下设置: 1.由于是人类的蛋白序列比对小鼠cDNA序列,所以比对方式选择tblastn:Search translated nucleotide database using a protein query。 2.将对应的人类蛋白序列和小鼠核酸序列...
点击复选框“Align two or more sequences”可以添加多个序列比对。Query subrange可以指定搜索的残基范围。 Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库...
点击复选框“Align two or more sequences”可以添加多个序列比对。Query subrange可以指定搜索的残基范围。 Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体...
(2)Identities:有6个碱基不同(可能是SNP不一定是突变) 具体位置比对结果中没有画“|”的就是不同碱基 (3)Gaps:有一个碱基缺失 比对测序结果 在Blast界面 点击“Align two or more sequences” → 分别在上下框输入①测序结果;②比对载体序列 → 点击blast 测序结果解读 从第几个碱基开始匹配...
1 利用百度搜索找到NCBI官方网站 2 在网站的右侧找到BLAST选项并点击进入 3 在Basic Blast内找到核酸blast并点击进入 4 在输入查询的对话框中打入目标序列， 勾选Align two or more sequences,可以输入两个以及三个以上的序列选项进行对比 5 把两段或者两段序列输入后，点击Blast进行比对，这时需要等几秒时间 6 ...
4 跳转新页面后，网页会自动blast。每隔1s，2s，3s，7s等不停刷新网页，直至比对出结果，此时耐心等待。5 比对结果完成后，页面显示如下。此时可查看结果。Sequences producing significant alignments栏中的Per. Inden越高越好。另一方面，Alignments栏下的Identities，Positives较重要。一般range1时比对结果最好的选择。
「MEGA X」将获取的DNA序列或protein序列保存 MEGA X Choosing and Acquiring Sequences Part 2 3745 17 2:19 App 反向PCR(Inverse PCR)的原理及使用场景Part2 Sequencing after Inverse PCR 5975 -- 2:23 App 人类最害怕的疼痛 人类最害怕的疼痛,你能忍住几个【上 3970 4 6:21 App 阿三教你——DNA复制...
NCBI不错的，好的杂志，Nature， Cell，Science等等，审稿就很严格，不会让那些低级错误的文章发表，
还有一种BLAST程序——BLAST2Sequences程序,它可以对两条DNA序列或蛋白质序列进行比对,并获得一个点对点的比对结果。BLAST程序也可以作为一个独立的程序下载到本地计算机上使用,用户可以到ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/下载(表3)。 3.1 BLAST
点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...