BLASTX 是核酸序列到蛋白库中的一种查; BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询; TBLASTN 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX 相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 TBLASTX 是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译...
blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询; tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询; tblastx: 先将待查询的核酸序...
1.由于是人类的蛋白序列比对小鼠cDNA序列,所以比对方式选择tblastn:Search translated nucleotide database using a protein query。 2.将对应的人类蛋白序列和小鼠核酸序列填写好。 3.点击blast。 02、结果查看 结果如下图,展示了人类ALK基因大概1600个氨基酸构成的蛋白序列与小鼠不完整的mRNA序列的同源比对情况。人类蛋...
1 首先登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed，NCBI首页。点击首页下端BLAST,进入blast界面。2 BLAST界面提供blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx等选项。已知蛋白序列，查找某菌种对应的同源基因信息，点击tblastn 3 点击进入后，复制蛋白序列到序列框，或者“选择文件”。选择Organism。完成上述信息后，点击b...
序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定...
在BLAST界面Enter Query Sequence下面的大框中输入，如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对，再下面的...
NCBI还开发了多种在线工具，如BLAST（基本局部对齐search工具），用于比较生物序列，当你只有一段DNA、RNA或蛋白序列的时候，你想知道它是什么，这时候BLAST：Basic Local Alignment Search Tool （http://nih.gov）就是一个很好的工具，BLAST能够快速比较核酸或蛋白质之间的相似性，帮助你快速找到相似的基因或者蛋白。
天哪,这都是些什么鬼!!特别是看Blast结果时,这些编号到处都是的,根本不知道哪个才是想要的好么! 莫慌,麦子今天就给大家理理顺! ACCESSION是NCBI序列数据中我们常用到编号(另一个是GI)。ACCESSION形式为CC_###,其中CC为两个字母,其不同组合又可以区分为蛋白...
用Probe查找已经公布的引物序列 1. 进入NCBI主页,在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。 点击search,出现下面界面: 2. 点击第一个链接,序列结果如下图所示: Part Three 运用其Blast 进行序列比对、检验引物特异性 点击查看Blast的具体操作步骤:【实验工具...
如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列 运用STS 查找已经公布的引物序列 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 今天我们就先讲第一部分:如何查找基因序列、mRNA、Promoter。这里主要用到的是Map viewer,我们以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤。