NCBI上的blast分为四种:Nucleotide BLAST:核酸比核酸;blastx:核酸比蛋白;blastn:蛋白比核酸;Protein BLAST:蛋白比蛋白。 在这里小编以Nucleotide BLAST的操作为例,演示一下如何进行序列比对。点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),...
3️⃣ 提交序列进行比对:在NCBI BLAST网站上,输入或粘贴你的查询序列。如果需要比对两个序列,还需输入或粘贴第二个序列。选择适当的数据库进行搜索,例如nr(非冗余蛋白序列数据库)或nt(核酸序列数据库)。4️⃣ 设置比对参数:选择比对算法,如megablast、discontiguous megablast等。设置期望的E值、身份百分比、保...
1、访问NCBI-BLAST 在线比对网址 访问NCBI-BLAST网址(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),并根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来选择使用的比对方法 2、在线进行序列比对 2.1 在线进行两序列比对 选择进行多序列比对,粘贴或者上传需要比对的序列,依次指定查询序列和参考序列,点击BLAST进行比对。 应用场景:查询...
Blastp界面和Blastn一样有输入序列框,也可以上传文件和比对多个序列。 选择数据库包括非冗余蛋白质序列,蛋白质参考数据库,UniProt/SWISS-PROT注释蛋白质序列,宏基因组蛋白质及其他。 可选择算法程序包括:Quick BLASTP可以快速搜索相似匹配序列。默认标准的blastp模式以给定的序列的相似度来进行一般性查找。PSI-BLAST通过...
点击“BLAST”后,选择Protein BLAST; 选择“Align two or more sequences”,分别输入ACCESSION号“BAC16799”和“NP_998989.3”; 最终可得到序列同源性比例即为“Per.Ident”值; 本期关于蛋白序列的比对方法就介绍到这里 后续大家还想了解关于什么数据库的使用 ...
Blastp界面和Blastn一样有输入序列框,也可以上传文件和比对多个序列。 选择数据库包括非冗余蛋白质序列,蛋白质参考数据库,UniProt/SWISS-PROT注释蛋白质序列,宏基因组蛋白质及其他。 可选择算法程序包括:Quick BLASTP可以快速搜索相似匹配序列。默认标准的blastp模...
NCBI BLAST比对秘籍! 🌐 首先,访问NCBI的官方网站:。在页面上找到并点击BLAST选项。 🔍 选择比对类型:根据你的需求,选择Nucleotide Blast(核酸比对)或 Protein Blast(蛋白质比对)。 📋 复制FASTA格式的序列:打开你的序列文件,复制一个FASTA格式的序列。你可以选择Nucleotide数据库或其他数据库进行比对。记得勾选“...
点击“BLAST”后,选择Protein BLAST; 选择“Align two or more sequences”,分别输入ACCESSION号“BAC16799”和“NP_998989.3”; 最终可得到序列同源性比例即为“Per.Ident”值; 本期关于蛋白序列的比对方法就介绍到这里 后续大家还想了解关于什么数据库的使用 ...
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。