blast序列比对结果怎么看 NCBI 中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性。1.NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST 包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍Specialized BLAST 是一些特殊目...
BLAST将一个查询序列与一个目标数据库中的序列进行比对,并输出比对结果。下面将介绍如何看懂NCBI BLAST输出结果。 BLAST报告的不同部分提供了关于比对结果的详细信息。以下是BLAST输出结果中的重要部分: 1.查询信息: 在输出结果的第一部分,会显示关于查询序列的信息,如查询序列的名称、长度以及描述。这些信息可以帮助...
点击BLAST运行,等待,,, 检索结果显示 检索结果解读(重点看5、8、9三个指标) Description:如果结果中出现过多hypothetical protein假设蛋白、Unnamed protein product未命名蛋白、Putative uncharacterized protein(未表征蛋白)等结果,表明进行比对的数据库不太合适,检索结果意义不大。 Scientific Name :学名 Common Name :...
Score 比对得分,如果序列匹配上得分,不一样,减分,分值越高,两个序列相似性越高 E Value 值越小,越可信,相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度 Identities 一致性,就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列 Sbjct 代表数据库中的序列
BLAST比对的基本过程是它首先找出查询序列和目标序列间所有匹配程度超过一定阈值的片段对,然后对片段对根据给定的相似性阈值进行延伸,得到一定长度的相似性片段,最后给出高分值片段对。 3. BLAST结果的描述区域。 我用Guc的样本ITS2序列进行了blast, Score: 序列比对过程中计算的得分值,得分越高,序列匹配结果越好; E...
为了更好地理解NCBI BLAST输出结果,需要了解输出结果的基本结构、匹配结果的意义以及其他可能对研究有帮助的信息。 NCBIBLAST的输出结果通常分为四个主要部分:1.查询标题和信息;2.对于每个匹配,给出的序列标识、匹配得分和e值;3.每个匹配的序列比对详情,包括片段的位置和相似性比例;4.其他比对相关的统计信息。 3....
点击开始比对后，blast会返回两个输入序列与注释序列的比对结果。选择全部序列，点击"alignments"查看详细信息。比对结果显示，例如：两个转录本分别从第713和227个碱基开始匹配。Identities部分指出，两个序列之间有6个不同碱基，可能是单核苷酸多态性（SNP），不一定是突变。不同碱基在比对结果中未标注"|"...
点击Blast后,出现的页面大体上包括四个部分 一.所询问和比对序列的简单信息 1.询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度 2.所比对数据库的名称、描述和所用程序 二.Graphic Summary——blast结果图形显示 相似度颜色图(黑、蓝、绿、粉红、红,相似度由低到高) 三.Descriptions——blast结果描述区 1...
如何看懂NCBI BLAST输出结果 解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分,如果序列匹配上得分,不一样,减分,分值越高,两个序列相似性越高 E Value 值越小,越可信,相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度...