高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The Sequence Read Archive)数据库 大概分为三个步骤: 1. 打开网址submit.ncbi.nlm.nih.gov,首次登陆需要注册,点击右上角Log in 已经注册的直接点NCBI Account,未注册的点最下边的new here,然后点Creat new NCBI Account 填入注册信息 我以前注册的时候界面是这个样子的 注...
这里要根据自己的实际情况进行填写。 3.4 原始数据上传 这里有FTP和Aspera Command-Line上传,在这里选择Aspera Command-Line上传(一是快,二是逼格高) 上传代码: ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QT -l100m -k1 -d ~/xx/16S/*.fastq subas...
首先，访问submit.ncbi.nlm.nih.gov网址，如需注册，请点击右上角的“Log in”，如果已有账号则直接登录。若无账号，则选择“new here”并点击“Creat new NCBI Account”，按照提示填写注册信息。账号激活后，将收到邮箱验证链接，请点击完成验证。注册完成后，登录NCBI账户，在主页点击“my submissions...
上传命令的格式:ascp -i [key file 路径]-QT -l100m -k1 -d [需要上传文件的路径] [NCBI存放路径]注意这里最好在新文件夹存放,不要放在根目录下。存放路径在图14,红色部分。 图13 图14 4.另外说点别 1)bioproject建立了我就直接提交了,竟不想自己不能删除,所以写了邮件给NCBI那边,删除了这个错误的bio...
在提交数据到NCBI数据库时，通常有两种主要选择关于数据的公开时间：立即公开：数据一旦上传，就会对公众...
步骤一:进入 NCBI 首页,注册账号并激活,登陆 NCBI 步骤二:进入数据上传页面,选择 SRA 数据库 步骤三: 点击 New submission,新建上传 步骤四:填写上传者个人信息,带 * 的必填,Continue 下一步 步骤五:确定是否已新建 Bioproject、Biosample 及数据释放时间(由于 NCBI 的页面会不定期更新,请老师仔细阅读选项内容进行...
根据数据类型点击对应的链接,这里我们上传高通量数据: 点进去的页面内容需要你仔细阅读:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html 需要准备的文件包括三部分: 1. metadata spreadsheet 即元数据,注释数据,模板从seq_template中下载 可根据文件内的两个示例表格进行填写: ...
然后用ascp的命令行上传,记得写一个循环; 其他:filezilla只能上传目录,不能直接上传文件; 2021年08月05日 第二次上传数据,步骤梳理: 登陆https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/ 先申请BioProject - 关联申请BioSample 审核较快 再申请BioSample - 填写批量申请表(单独申请在样本多时很麻烦),需要填入BioPro...
在有些科技论文中需要注明转录组测序的原始数据上传到NCBI的SRA数据库后获得的SRP号,以下是一个总体的流程,根据本人的数据上传经验整理,仅供参考 注册NCBI账号,首页Submit→Quick Start选择Nucleotide Sequence下的Sequence Read Archive(SRA)→GO→New submission新的提交,以下序号对应NCBI流程顺序 ...
在有些科技论文中需要注明转录组测序的原始数据上传到NCBI的SRA数据库后获得的SRP号,以下是一个总体的流程,根据本人的数据上传经验整理,仅供参考 注册NCBI账号,首页Submit→Quick Start选择Nucleotide Sequence下的Sequence Read Archive(SRA)→GO→New submission新的提交,以下序号对应NCBI流程顺序 ...