Primer-Blast 可以直接从 Blast 主页( blast.ncbi.nlm.nih.gov/ )找到, 或是直接用下面的链接进入:ncbi.nlm.nih.gov/tools/这个工具整合了目前流行的 Primer3 软件,再加上NCBI 的Blast 进行引物特异性的验证。 Primer-BLAST 免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤, 设计好的引物程序直接用 Blast 进行引物...
快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是非常重要的,因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域! 1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。 然后选择CD-search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2...
我们报告了一个新开发的可视化工具,用于分析整个基因组组装-组装比对,即比较基因组浏览器(CGV)(https://ncbi.nlm.nih.gov/genome/cgv/)。CGV可视化了由国家生物技术信息中心(NCBI)提供的同种和跨物种比对,这些比对是使用我们和他人开发的组装比对算法完成的。研究人员可以检查跨越染色体的大的结构差异,如倒位或易位。
使用NCBI工具的步骤：进入NCBI主页：首先，在浏览器中打开NCBI（National Center for Biotechnology Information）的官方网站。这是使用NCBI工具的第一步。使用Map View查找基因位置：以人类IL-6基因为例，点击页面上的“Map View”功能。在Map View页面，选择物种（如人类），然后点击“Go”。设置filter以过...
功能概述：NCBI的CD工具，通过利用Conserved Domain Database 进行结构域识别，能够帮助研究者揭示蛋白质序列中的结构域信息。这些结构域作为蛋白质的功能模块，在进化过程中保持相对稳定，对理解蛋白质的功能和进化历程至关重要。核心功能：结构域识别：利用CDD数据库，对输入的蛋白质序列进行结构域识别，提供...
工具很多,简单说三个先。 Smart blast 主要是用来blast蛋白质的。 界面非常简单,只需要输入你的序列即可(懒人福利)。 下面是我从NCBI上找了一段序列来测试的结果。 结果图 这是结果图,它会自动给你推荐几个最匹配的结果。 注意左边的树不能直接拿来用。。只是参考,还是要自己弄的。右边绿色条是和你的片段blast...
dataformat工具能够将NCBI的数据转换为标准表格格式，例如TSV（制表符分隔值）或JSON。该工具在需要将NCBI数据与本地分析工具或数据库进行整合时显得尤为有用。借助dataformat，用户能够轻松地将基因、蛋白质及其他生物信息数据的元数据转化为便于处理和解析的表格形式，从而加速生物信息学研究和数据分析的进程。[从同组...
1、首先进入NCBI对应网页 (https://ncbi.nlm.nih.gov/genome/cgv/) 2、选择需要比较的第一个物种,选择需要比较的第二个物种。注意,在选择第一个物种后,系统将自动检索数据库内已有的基因组资源,如果剩余给第二个物种选择的基因组与第一个物种遗传距离相聚太远,只能进行物种内基因组间的比对。我们第一个物种选...
1、首先进入NCBI主页。Map view演示，主要是找到相关基因在染色体上的位置，以人类IL-6基因为例。点击Map View。2、选择物种，点击Go；设置filter，过滤信息；点击Genes seq查询序列 3、最后进入序列下载页面，可以直接下载。可以选择多种格式，一般选择fasta。4、通过clone查询相关基因的cDNA序列，选择clone...
本篇内容旨在介绍NCBI提供的在线工具，用于搜索并识别蛋白质结构域的CD-Search。蛋白质结构域是生物体内维持其结构与功能稳定的重要单元。理解这些保守结构域在蛋白质中的定位以及它们的生物功能对深入解析蛋白质的生理作用和进化历史极为关键。结构域在蛋白质序列中的存在和特定功能，揭示了蛋白质执行生命功能...